| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,891,664 | C→G | 5.3% | A17G (GCC→GGC) | mdtL → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,891,664 | 0 | C | G | 5.3% | 608.6 / 19.9 | 169 | A17G (GCC→GGC) | mdtL | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/80); new base G (5/4); total (85/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
GCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAG > NC_000913/3891518‑3891810 | tctcAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGa > 1:562762/1‑149 (MQ=255) tctcAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCACGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGa < 3:633088/149‑1 (MQ=255) ctcAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGAt < 3:1344820/149‑1 (MQ=255) 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ttACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGc < 4:555315/149‑1 (MQ=255) tACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGt < 3:1150202/145‑1 (MQ=255) atcaaTCCCGGCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCgg > 3:1001598/5‑109 (MQ=255) tttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGAt < 2:262258/149‑1 (MQ=255) tcaaTCCCGGCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTgg > 2:94064/4‑144 (MQ=255) tcaaTCCCGGCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTgg < 1:94064/141‑1 (MQ=255) caaTCCCGGCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATc > 4:1058887/3‑149 (MQ=255) ccgccgGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGAt > 4:1415254/1‑106 (MQ=255) ccgccgGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGAt < 3:1185494/106‑1 (MQ=255) cgccgGGATTGATATGTACCTTGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAg < 4:1092331/149‑1 (MQ=255) ccgGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATg > 4:650754/1‑116 (MQ=255) ccgGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATg < 3:650754/116‑1 (MQ=255) | GCCTCTCAGGAAATCACTTATGTCCAAATGGCAACTCGCCTGATCCTCCTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGGCGGGGATGGCAGCTGCGATGTTATTTGCCGGTAAAGTGGCCGATCGTTCAG > NC_000913/3891518‑3891810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |