| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,041,217 | G→A | 5.3% | Q73* (CAG→TAG) ‡ | mobB ← | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,217 | 0 | G | A | 5.3% | 500.5 / 12.1 | 150 | Q73* (CAG→TAG) ‡ | mobB | molybdopterin‑guanine dinucleotide biosynthesis protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/72); new base A (5/3); total (75/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
AAACAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTATGCTTAATCAGCCCTGGACGGATCCCTCTGGCGCATAATGCCGGGATCAGTTTTTTCA > NC_000913/4041071‑4041363 | cAGCACAATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGctggctgg < 2:577917/149‑1 (MQ=255) acaATCTTTGCGGTCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCtggctggc < 2:422477/146‑1 (MQ=255) acaATCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAATTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCtggctggc > 1:422477/1‑146 (MQ=255) aTCTTTGCGATCTCTTCATGCTTAAACCCTTCGACCAGAATCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGAt < 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aaTCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGAt > 4:404490/1‑111 (MQ=255) tCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTgctggct < 3:272705/100‑1 (MQ=255) tCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATa < 2:1258197/142‑1 (MQ=255) tCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCt > 2:859182/1‑149 (MQ=255) tCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCt > 3:673001/1‑149 (MQ=255) tCAAATCCAGCTTTGAGGTATCCATTCGACTTGCGAGAAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCt > 2:1177928/1‑149 (MQ=255) 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> 1:955104/1‑141 (MQ=255) agaAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGt > 1:1378406/1‑149 (MQ=255) gaAACTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTa < 1:859182/149‑1 (MQ=255) aaCTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTgcg < 1:52817/95‑1 (MQ=255) aaCTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTgcg > 2:52817/1‑95 (MQ=255) cTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTa > 4:412624/1‑145 (MQ=255) cTGTAGATCCAGCTCTTCTTCGTCTGGTGTTTCCGTCATCAAGGCCCATCGTTGCTGGCTGGCAACGATGGTTTGTGCCGCGCCAGCCTTGCGCAGCTCATAGCTATCTTTGCCTGGCTTATCAACATCCATATCATGGTGCGTa < 3:412624/145‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |