| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 368,461 | T→A | 5.6% | intergenic (‑41/‑150) | mhpR ← / → mhpA | mhp operon transcriptional activator/3‑(3‑hydroxyphenyl)propionate hydroxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 368,461 | 0 | T | A | 5.6% | 252.4 / 3.8 | 71 | intergenic (‑41/‑150) | mhpR/mhpA | mhp operon transcriptional activator/3‑(3‑hydroxyphenyl)propionate hydroxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/33); new base A (2/2); total (36/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
ATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAGTTGCGCTGTACTGTGCGCGCAACGACATTTTGTCCGA > NC_000913/368350‑368594 | atatTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGATATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGa < 4:909693/136‑1 (MQ=255)atatTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGa > 3:909693/1‑136 (MQ=255) aataaCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGAt < 3:907371/131‑1 (MQ=255) aataaCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTATTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGAt > 4:907371/1‑131 (MQ=255) aaCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTcc > 3:629401/1‑149 (MQ=255) aCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGttt > 3:651399/1‑123 (MQ=255) aCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGttt < 4:651399/123‑1 (MQ=255) aCATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCt < 4:629401/149‑1 (MQ=255) aTTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCtat > 3:264822/1‑149 (MQ=255) aTTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCtat > 1:42091/1‑149 (MQ=255) aTTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCAGGTGcac > 4:865975/1‑107 (MQ=255) aTTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAAGTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCAGGTGcac < 3:865975/107‑1 (MQ=255) aCCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTc > 3:27091/1‑140 (MQ=255) aCCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTc < 4:27091/140‑1 (MQ=255) aCCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGa > 4:272706/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATg > 3:1303439/1‑111 (MQ=255) 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aTTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCt < 4:1004939/100‑1 (MQ=255) aTTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCt > 4:126210/1‑100 (MQ=255) aTTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCt < 3:126210/100‑1 (MQ=255) aTTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACaaaa > 1:319716/1‑145 (MQ=255) aTTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACaaaa < 2:319716/145‑1 (MQ=255) aTTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGCGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCAtt < 1:392719/127‑1 (MQ=255) 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aTTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCt > 1:753820/1‑78 (MQ=255) tataGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATaaaaaa > 2:911051/1‑95 (MQ=255) tataGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATaaaaaa < 1:911051/95‑1 (MQ=255) ttAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATaa > 4:1032696/1‑116 (MQ=255) ttAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATaa < 3:1032696/116‑1 (MQ=255) aaaCAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAAc < 4:172656/106‑1 (MQ=255) aaaCAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAAc > 3:172656/1‑106 (MQ=255) acaacGTGATGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAGTTGCGCTGTACTGTGCGCGCAACGACATTTTGTCCGa > 4:124159/1‑149 (MQ=255) gaatgtgCACCAGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAGTTGCGCTGTACTGTGCGCGCAACGACAtt < 1:849326/133‑1 (MQ=255) gaatgtgCACCAGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAGTTGCGCTGTACTGTGCGCGCAACGACAtt > 2:849326/5‑137 (MQ=255) gCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGa < 4:1173274/60‑1 (MQ=255) gCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGa > 3:1173274/1‑60 (MQ=255) cTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAg > 4:1425385/1‑98 (MQ=255) cTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAg < 3:1425385/98‑1 (MQ=255) | ATATTTAATAACATTAGACCGCGGGTTAAGCCGCGCACGGTTTTGTATTCCGTCTGCTCATTGTTCTGCATATTAATTGACATTTCTATAGTTAAAACAACGTGGTGCACCTGGTGCACATTCGGGCATGTTTTGATTGTAGCCGAAAACACCCTTCCTATACTGAGCGCACAATAAAAAATCATTTACATGTTTTTAACAAAATAAGTTGCGCTGTACTGTGCGCGCAACGACATTTTGTCCGA > NC_000913/368350‑368594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |