| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,548,401 | T→C | 6.6% | C39C (TGT→TGC) ‡ | fimG → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,401 | 0 | T | C | 6.6% | 510.0 / 18.3 | 151 | C39C (TGT→TGC) ‡ | fimG | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/74); new base C (5/5); total (72/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
ACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCA > NC_000913/4548255‑4548549 | aCTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACATGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTAc > 4:363966/1‑149 (MQ=255) ttGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt < 3:490496/149‑1 (MQ=255) ttGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt > 3:1357050/1‑149 (MQ=255) ttGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt > 2:741629/1‑149 (MQ=255) aaTATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc < 1:741629/149‑1 (MQ=255) atatCAGTACCTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGAGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcca < 3:436737/149‑1 (MQ=255) tatCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTAAGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt < 1:380376/144‑1 (MQ=255) cAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc > 4:559052/1‑144 (MQ=255) aGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccaccacc > 4:450677/1‑149 (MQ=255) gTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccac < 1:565464/144‑1 (MQ=255) gTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTACACGGtttgg > 1:781475/1‑140 (MQ=255) gTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTACACGGtttgg < 2:781475/142‑3 (MQ=255) gTAACTGGAGATGCTCAGGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccac > 2:565464/1‑144 (MQ=255) aaCTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAAt < 3:622833/149‑1 (MQ=255) ggAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCa < 3:566751/149‑1 (MQ=255) ggAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCa > 1:133005/1‑149 (MQ=255) tCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGAt < 4:1213756/149‑1 (MQ=255) tGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAAt > 2:1028326/1‑134 (MQ=255) 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ttGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTAt < 1:752633/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCttt > 1:528736/1‑139 (MQ=255) tGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCttt < 2:528736/139‑1 (MQ=255) ggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTg > 1:498250/1‑149 (MQ=255) aaTATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc < 2:517644/91‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTcc > 1:517644/1‑91 (MQ=255) 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gaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGa > 1:350047/2‑111 (MQ=255) gaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGa < 2:350047/110‑1 (MQ=255) aaaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGa < 1:176226/110‑1 (MQ=255) aaaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGa > 2:176226/1‑110 (MQ=255) aaaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGc < 1:125034/149‑1 (MQ=255) aaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGcc > 3:883975/1‑149 (MQ=255) tACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTTTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTgc < 2:1240828/102‑2 (MQ=255) tACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCa > 3:200248/1‑149 (MQ=255) | ACTCTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCA > NC_000913/4548255‑4548549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |