| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,557,660 | A→G | 5.1% | I210I (ATT→ATC) | hypT ← | hypochlorite‑responsive transcription factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,557,660 | 0 | A | G | 5.1% | 396.8 / 7.5 | 117 | I210I (ATT→ATC) | hypT | hypochlorite‑responsive transcription factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/57); new base G (3/3); total (57/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCCGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCAGGCAATCCCACAGCCGTCGAGGGCAACCTGCTTTAAAAGCTCGCTCATCGAAGAGACAAAAAAGGTGCTGAAACTTAACTCACTGTGGCGCGTCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGAATGTGGTCAAACGGCGC > NC_000913/4557513‑4557806 | ccGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCAGGCAATCCCACAGCCGTCGAGGGCAACCTGCTTTAAAAGCTCGCTCATCGAAGAGACAACAAAGGTGCTGAAACTTAACTCACTGTGGCGCGTCAGGGTGCGATTaat < 1:946859/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCAGGCAATCCCACAGCCGTCGAGGGCAACCTGCTTTAAAAGCTCGCTCATCGAAGAGACAAAAAAGGTGCTGAAACTTAACTCACTGTGGCGCGTCAGGGTGCGATTaat < 1:180236/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCAGGCAATCCCACAGCCGTCGAGGGCAACCTGCTTTAAAAGCTCGCTCATCGAAGAGACAAAAAAGGTGCTGAAACTTAACTCACTGTGGCGCGTCAGGGTGCGATTaat > 4:1429173/1‑149 (MQ=255) 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gcgcGTCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTga > 1:1456299/1‑133 (MQ=255) gcgcGTCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATaa < 2:329050/144‑1 (MQ=255) gcgcGTCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATaa > 1:329050/1‑144 (MQ=255) gTCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCTCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGaa > 4:109737/1‑145 (MQ=255) tCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGAATGTgg < 1:1256576/149‑1 (MQ=255) ggggCGATTGATTAATCGCACCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTga > 1:1036590/4‑124 (MQ=255) ggggCGATTGATTAATCGCACCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATaa < 4:217145/132‑1 (MQ=255) gTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGaa > 1:1316974/1‑139 (MQ=255) gTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGCAACAATTGAGATTCAAATAAGCGAATGTGGTCaaa > 3:110995/1‑149 (MQ=255) gATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGAt < 2:712952/122‑1 (MQ=255) gATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGa < 3:703035/134‑1 (MQ=255) gATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGAAtgtg > 3:1158170/1‑139 (MQ=255) aTTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGc < 3:31333/58‑1 (MQ=255) aatcaatcGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGAc > 4:1310074/1‑102 (MQ=255) aatcaatcGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGAc < 3:1310074/102‑1 (MQ=255) aatcaatcGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAggg < 3:674459/106‑1 (MQ=255) aatcaatcGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAggg > 4:674459/1‑106 (MQ=255) | CCCGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCAGGCAATCCCACAGCCGTCGAGGGCAACCTGCTTTAAAAGCTCGCTCATCGAAGAGACAAAAAAGGTGCTGAAACTTAACTCACTGTGGCGCGTCAGGGTGCGATTAATCAATCGCCCCATGTAGGAGTTGCGGCTGTAATTCAGTAACGGAAAGTGTGGCTGCGCGAGGTTAAAAAGTGCTTCTCCGTGTTCGTCACTGGCGCAGACAGGGAACAATTGAGATTCAAATAAGCGAATGTGGTCAAACGGCGC > NC_000913/4557513‑4557806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |