| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 622,455 | G→C | 6.2% | W52C (TGG→TGC) | entS → | enterobactin exporter, iron‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 622,455 | 0 | G | C | 6.2% | 466.2 / 16.9 | 130 | W52C (TGG→TGC) | entS | enterobactin exporter, iron‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/64); new base C (4/4); total (62/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTA > NC_000913/622307‑622603 | aaCAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTgg < 4:1136715/149‑1 (MQ=255) aTCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAgg > 4:1026849/1‑149 (MQ=255) aTCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAgg > 2:1366262/1‑149 (MQ=255) cTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTgg < 1:106459/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTgg < 3:1026849/149‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTgg < 4:52004/149‑1 (MQ=255) tctTAAACTCCACCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGGGCCGTATTCCTCGCTCGGTTCATTTCCATTGTGGCTCCGGGGTTTGC‑CGGCGTCGCGGGGGCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCttt < 2:904761/148‑1 (MQ=255) ttAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTgg > 4:406800/1‑141 (MQ=255) 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< 4:1067388/149‑1 (MQ=255) cgcAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGa < 3:190372/149‑1 (MQ=255) gcAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCTGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGAt > 1:948335/1‑149 (MQ=255) tATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTttgttg < 3:1182744/138‑1 (MQ=255) ctcgctcgTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTcggcgg > 3:48249/1‑149 (MQ=255) ctcgctcgTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGAGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGAtgtttg > 1:1372515/1‑130 (MQ=255) 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1:1010091/1‑149 (MQ=255) acaTTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTg > 1:500222/1‑149 (MQ=255) gccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGc < 4:1355026/131‑1 (MQ=255) gccccACCTGCCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGc > 3:1355026/4‑134 (MQ=255) ttCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGAc > 2:1345241/1‑149 (MQ=255) tCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCAtt > 1:1149396/1‑135 (MQ=255) tCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCAtt > 1:1346689/1‑135 (MQ=255) tCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCAtt < 2:1149396/135‑1 (MQ=255) tCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACt > 3:972602/1‑149 (MQ=255) tCCACCTGGCAGATTGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACt > 3:106583/1‑149 (MQ=255) cACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCaaaaa < 4:1168145/99‑1 (MQ=255) cACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCaaaaa > 3:1168145/1‑99 (MQ=255) aCCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGa > 4:1087584/1‑144 (MQ=255) aCCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGa < 3:1087584/144‑1 (MQ=255) aCCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACtgtg < 1:1381491/149‑1 (MQ=255) aCCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTGTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGa < 1:748043/144‑1 (MQ=255) aCCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTAACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGa > 2:748043/1‑144 (MQ=255) cTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGcc < 4:164430/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGa > 4:172104/1‑100 (MQ=255) ggCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGa > 4:669587/1‑99 (MQ=255) ggCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGa < 3:669587/99‑1 (MQ=255) gCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTa > 1:613435/1‑149 (MQ=255) | AACAATCCTGGCTGCTTAACCTCAGCCTGTTGAAAACGCACCCGGCGTTTCGCGCAGTATTCCTCGCTCGTTTCATCTCAATTGTGTCT‑CTGGGTTTGCTCGGCGTCGCGGTGCCGGTGCAGATCCAGATGATGACACATTCCACCTGGCAGGTGGGGCTTTCGGTGACGCTGACCGGCGGCGCGATGTTTGTTGGCCTGATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTA > NC_000913/622307‑622603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |