| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 884,868 | 0 | T | A | 5.0% | 436.1 / 9.8 | 119 | L399* (TTA→TAA) | mdfA | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/59); new base A (3/3); total (57/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACAT > NC_000913/884720‑885016 | tCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCttttt < 4:854315/149‑1 (MQ=255)tCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCttttt < 2:1028781/149‑1 (MQ=255) tGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTaa < 2:1003200/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |