| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,052,257 | C→T | 10.6% | intergenic (+17/+32) | gnsA → / ← yccM | putative phosphatidylethanolamine synthesis regulator/putative 4Fe‑4S membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,052,257 | 0 | C | T | 10.6% | 194.5 / 12.8 | 66 | intergenic (+17/+32) | gnsA/yccM | putative phosphatidylethanolamine synthesis regulator/putative 4Fe‑4S membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/29); new base T (3/4); total (33/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
TATCGCGCAAAAAATCGCCGAGCTGAACAAGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTGATGTTCCGCTTGTTGCTAATTTAGTGACCAATCATTGGCGCTTGTGGAATTAAGCGTCGGTACAATTCCTCCGGCACCGGGCTTTGCCATACTCCCGCATACATTGCGTAACCAATCACCGCAAACATAATC > NC_000913/1052117‑1052400 | tATCGCGCAAAAAATCGCCGAGCTGAACAAGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCTCgcacggg < 1:851192/149‑7 (MQ=255)tATCGCGCAAAAAATCGCCGAGCTGAACAAGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAg < 2:993314/149‑1 (MQ=255) aaGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAg < 3:34886/121‑1 (MQ=255) aaGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAg > 4:34886/1‑121 (MQ=255) aaGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTGAt > 2:222084/1‑126 (MQ=255) aaGAATACAGGGAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTGAt < 1:222084/126‑1 (MQ=255) ggAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGATCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTGATGTTCCGCTTGTTGCTAATTTa > 2:440612/1‑137 (MQ=255) ggAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGATCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTGATGTTCCGCTTGTTGCTAATTTa < 1:440612/137‑1 (MQ=255) ggAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTg < 3:663734/114‑1 (MQ=255) ggAAAGAAGTCTCTGAAATTCGCTTCACCGCACGAGAAAAAATGACCGGGCTTGAAAGTTATGATGTCAAAATCAAAATAATGTGATTTTGTGAACATCACCCCGTGCGAGGTg > 4:663734/1‑114 (MQ=255) 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NC_000913/1052117‑1052400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |