| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,086,966 | A→C | 6.7% | L294R (CTG→CGG) ‡ | pgaC ← | biofilm PGA synthase PgaCD, catalytic subunit; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,086,966 | 0 | A | C | 6.7% | 313.5 / 12.6 | 89 | L294R (CTG→CGG) ‡ | pgaC | biofilm PGA synthase PgaCD, catalytic subunit; poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/40); new base C (3/3); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
GACCAGGCAGGTGAAGGCCCATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTAATATCAATATCTTCGGTGATCATATCGTCACTCCAGTAACCCAC > NC_000913/1086833‑1087114 | gACCAGGCAGGTGAAGGCCCATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCcaca > 4:354187/1‑149 (MQ=255) aggcaggTGAAGGCCCATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGccc < 3:354187/149‑1 (MQ=255) ggcaggTGAAGGCCCATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCt > 4:1421179/1‑149 (MQ=255) ggTGAAGGCCCATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTa < 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(MQ=255) ccATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGc < 3:673978/133‑1 (MQ=255) ccATATTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAg > 1:735309/1‑149 (MQ=255) atatTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGc > 1:708184/1‑149 (MQ=255) tatTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGttt < 1:917232/143‑1 (MQ=255) tatTGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGttt > 2:917232/1‑143 (MQ=255) ttGTCGTCAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCAtt < 2:735309/149‑1 (MQ=255) tcAGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATc < 4:1191849/149‑1 (MQ=255) aGGCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCa < 3:1421179/149‑1 (MQ=255) ggCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTc > 2:1272354/1‑133 (MQ=255) ggCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTc < 1:1272354/133‑1 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTaa < 1:454547/126‑1 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTaa > 2:454547/1‑126 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAAc > 1:1089063/1‑127 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAAc < 2:1089063/127‑1 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTc > 2:807529/1‑132 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTc < 1:807529/132‑1 (MQ=255) gCAGTATTCAAAAAACAGCGGCCACATTCGAAAGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGc > 4:1217715/1‑149 (MQ=255) 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aGTTTTCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACGTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTGATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCAc < 3:125139/149‑1 (MQ=255) ttttCTTTGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTg > 1:1334599/1‑149 (MQ=255) tttGCGCCACAACCTTGTCGTATTTTTGAGGAATACTTCTGCGCCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCa > 3:866147/1‑149 (MQ=255) tttGCGCCACAACCTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCGGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTg < 3:1251660/144‑1 (MQ=255) tttGCGCCACAACCTTGTCATATTTTCGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTg > 4:1251660/1‑144 (MQ=255) 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cTTGTCATATTTTTGTGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTaaaaaa < 4:419841/121‑1 (MQ=255) cTTGTCATATTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTaaaaaa > 3:419841/1‑121 (MQ=255) tatTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAat > 3:1303750/1‑83 (MQ=255) tatTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAat < 4:1303750/83‑1 (MQ=255) tatTTTTGAGGAATACTTCTGCACAGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATCCAACTGCAGCTTCCAGCTaata > 3:809121/1‑149 (MQ=255) atTTTTGAGGAATACTTCTGCACCGCCCTGAGCCCAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTaatat < 2:1334599/149‑1 (MQ=255) 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aacAGCGCCTGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTaatatcaa > 4:565886/3‑120 (MQ=255) aacAGCGCCTGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTaatatcaa < 3:565886/118‑1 (MQ=255) aacAGCGCCTGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTaa < 3:1290503/112‑1 (MQ=255) aacAGCGCCTGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTAATATCAATATCTTCGGTGATCatat > 4:1334598/3‑138 (MQ=255) ccAGCGCAGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTAATATCAATATCTTCGGTGATCATATCGTCACTCCAGt > 4:1140118/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTGTTTCCACAGCCCTTTTAACGTTTCAGGCATTAATATCCAGCACAGTGCCCGTGGCTCGTAAAAAATCGTCCACTGATTCAACTGCAGCTTCCAGCTAATATCAATATCTTCGGTGATCATATCGTCACTCCAGTAACCCAc > 3:1072396/1‑149 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |