| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,304,469 | C→G | 5.8% | R212R (CGC→CGG) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,304,469 | 0 | C | G | 5.8% | 612.9 / 22.2 | 173 | R212R (CGC→CGG) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/83); new base G (6/4); total (86/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCG > NC_000913/1304327‑1304617 | tgctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACAtt > 3:696483/1‑149 (MQ=255)tgctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTAACGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACAtt > 3:1428232/1‑149 (MQ=255) gctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtg > 2:463637/1‑149 (MQ=255) ctgATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATtgt 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ttGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGtt < 3:57898/127‑1 (MQ=255) ttATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGccc < 3:34427/65‑1 (MQ=255) ttATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTcc < 1:1435364/90‑1 (MQ=255) aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTg > 2:120832/1‑79 (MQ=39) aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa > 1:222634/1‑145 (MQ=255) aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGa < 2:222634/145‑1 (MQ=255) ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGt > 2:849361/1‑120 (MQ=255) ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGAt > 3:931281/1‑149 (MQ=255) tCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGATGCATTGCTGAGTGATg > 4:189738/1‑149 (MQ=255) gCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGa > 3:981209/1‑66 (MQ=255) ccACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTggg < 2:304480/102‑1 (MQ=255) ccACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGgcg > 2:1466538/1‑149 (MQ=255) | TGCTGATTTTCGTGGCGATAGGCATGGTTTCCTGGCTGGATATGGCTCGTATTGTGCGTGGGCAAACCCTGAGTCTGAAGCGCAAAGAGTTTATTGAGGCGGCACAAGTTGGCGGTGTATCGACATCGGGCATTGTTATTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGATGGCG > NC_000913/1304327‑1304617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |