| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,318,470 | G→A | 9.1% | A440V (GCA→GTA) ‡ | trpC ← | indole‑3‑glycerolphosphate synthetase and N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,318,470 | 0 | G | A | 9.1% | 197.9 / 10.2 | 66 | A440V (GCA→GTA) ‡ | trpC | indole‑3‑glycerolphosphate synthetase and N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/30); new base A (3/3); total (33/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
TTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAG > NC_000913/1318329‑1318616 | ttcCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCttt > 2:504738/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGa < 1:504738/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGc > 3:715845/1‑149 (MQ=255) gcgcAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCgg > 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aTCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGa > 2:1243653/1‑129 (MQ=255) aTCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGa < 1:1243653/129‑1 (MQ=255) tCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGccc > 2:1414123/1‑133 (MQ=255) tCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGccc < 1:1414123/133‑1 (MQ=255) tCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGtt < 4:423603/137‑1 (MQ=255) tCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGtt > 3:423603/1‑137 (MQ=255) 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aTTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGaa < 2:1362919/149‑1 (MQ=255) gtgGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTaa < 1:288799/149‑1 (MQ=255) aCGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTaaaa > 4:23665/1‑146 (MQ=255) aCGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTaaaa < 3:23665/146‑1 (MQ=255) cGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCaa < 4:649503/149‑1 (MQ=255) gTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAg < 4:989444/149‑1 (MQ=255) cATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTcc < 4:715845/149‑1 (MQ=255) aTGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCg < 3:784013/101‑1 (MQ=255) aTGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCg > 4:784013/1‑101 (MQ=255) aTGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTa < 4:270627/137‑1 (MQ=255) aTGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTa > 3:270627/1‑137 (MQ=255) 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gTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCAc < 3:1357376/149‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAg < 1:1282675/149‑1 (MQ=255) tAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCaa > 3:113034/1‑112 (MQ=255) tAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCaa < 4:113034/112‑1 (MQ=255) tAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGtt > 1:1345871/1‑149 (MQ=255) ttgtCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTg > 1:481443/1‑149 (MQ=255) 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ttAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCa > 2:1277627/1‑88 (MQ=255) gcgcAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGt < 1:391209/149‑1 (MQ=255) ccAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGtt > 1:648794/1‑127 (MQ=255) ccAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGtt < 2:648794/127‑1 (MQ=255) atcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGtt > 3:336725/4‑74 (MQ=255) atcaaaGACGCACGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGtt < 4:336725/71‑1 (MQ=255) cAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGtt < 4:208027/93‑1 (MQ=255) cAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGtt > 3:208027/1‑93 (MQ=255) aaaaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCaa > 4:57460/1‑55 (MQ=255) aaaaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCaa < 3:57460/55‑1 (MQ=255) aaaaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 1:523337/1‑148 (MQ=255) aaaaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa < 2:523337/148‑1 (MQ=255) aaaaGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAg > 4:822946/1‑149 (MQ=255) gTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGGATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAg > 4:1067743/1‑149 (MQ=255) | TTCCAGCTGGCGCAGAGCAGGCATCAGGATTTGTGGCACGTACATGCCGCCAAACTCACCAAAATAGGGGTTAAGTAATGTTGTCATTGTTCCTTTCCTTAATATGCGCGCAGCGTCTGGAAAACCGAGGCCAAAAGACGTGCGTCTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAG > NC_000913/1318329‑1318616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |