| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,419,624 | G→A | 100% | intergenic (‑168/+141) | ydaG ← / ← racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,419,624 | 0 | G | A | 95.9% | 511.0 / 7.0 | 145 | intergenic (‑168/+141) | ydaG/racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/4); new base A (64/75); total (66/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAG > NC_000913/1419476‑1419769 | ccGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTgg > 4:1256006/1‑149 (MQ=255) gggTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGaa < 3:329996/149‑1 (MQ=255) ggCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACtat < 1:1072285/149‑1 (MQ=255) gCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACtata < 3:1278713/149‑1 (MQ=255) cGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAg > 1:76518/1‑149 (MQ=255) cGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAg < 4:441024/149‑1 (MQ=255) ggAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa < 4:1343040/142‑1 (MQ=255) ggAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa > 3:1343040/1‑142 (MQ=255) ctgcactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAat < 2:1069238/149‑1 (MQ=255) tgcactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa < 1:6414/130‑1 (MQ=255) tgcactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa > 3:86031/1‑130 (MQ=255) cactgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga > 3:875866/1‑149 (MQ=255) actgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 4:112536/149‑1 (MQ=255) actgcaAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgat < 2:613471/149‑1 (MQ=255) aTCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTAt > 3:750382/1‑149 (MQ=255) tCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGaaa > 1:352827/1‑112 (MQ=255) tCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATg < 2:1229169/149‑1 (MQ=255) ccgccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga > 3:111281/1‑131 (MQ=255) ccgccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattga < 4:111281/131‑1 (MQ=255) ccgccgTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGt < 2:947859/135‑1 (MQ=255) 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tACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGtttt < 1:677970/127‑1 (MQ=255) tAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGa < 1:52043/149‑1 (MQ=255) tAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGa < 3:1324958/149‑1 (MQ=255) aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAAt < 4:66096/85‑1 (MQ=255) aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAAt > 3:66096/1‑85 (MQ=255) cccTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgatt > 4:1442867/1‑94 (MQ=255) cccTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGAAACTATAGGTAATGCCTAattgatt < 3:1442867/94‑1 (MQ=255) 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cTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAg > 4:808573/1‑133 (MQ=255) cTGAAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAg < 3:808573/133‑1 (MQ=255) | CCGGGTGGCGGAACTAACTGCTGCACTGCAAAATTTGAATCCCGCCGTCATGTTCATACGCCTCGGGCTGGCTACTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAG > NC_000913/1419476‑1419769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |