| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,854,113 | T→C | 5.8% | I248V (ATC→GTC) | ydjF ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,854,113 | 0 | T | C | 5.8% | 287.6 / 2.6 | 84 | I248V (ATC→GTC) | ydjF | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/40); new base C (2/3); total (41/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
TCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAA > NC_000913/1853966‑1854247 | tCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGata > 1:1172833/1‑149 (MQ=255) ttGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATattatt < 1:438358/149‑1 (MQ=255) gTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGt < 3:249398/149‑1 (MQ=255) ttCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGAtatta < 2:268803/144‑1 (MQ=255) ttCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGAtatta > 1:268803/1‑144 (MQ=255) ttAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGc < 2:1172833/149‑1 (MQ=255) tCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTc < 4:1097441/135‑1 (MQ=255) tCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTc > 3:1097441/1‑135 (MQ=255) tCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTa < 4:1239159/149‑1 (MQ=255) 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aGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCttt > 2:639791/1‑63 (MQ=255) aaCAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCAGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGc > 2:113084/1‑149 (MQ=255) aaaTAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGAt < 3:1201489/149‑1 (MQ=255) aataatATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATc > 1:593603/1‑149 (MQ=255) taataTTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGTATATTATTGTCTTTGCAAAATTCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCa < 4:980906/121‑1 (MQ=255) taataTTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGt < 1:1282246/82‑1 (MQ=255) taataTTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGt > 2:1282246/1‑82 (MQ=255) 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2:1125871/1‑103 (MQ=255) gACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAatat < 1:1125871/103‑1 (MQ=255) gACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTaga < 2:593603/149‑1 (MQ=255) aCAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCAccc > 1:1149060/1‑71 (MQ=255) aCAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCAccc < 2:1149060/71‑1 (MQ=255) cTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCTAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGGTTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCa > 1:1122014/1‑149 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCa > 3:1356883/1‑72 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCa < 4:1356883/72‑1 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTaaa < 4:1406121/98‑1 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTaaa > 3:1406121/1‑98 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGc < 1:349259/104‑1 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGc > 2:583854/1‑104 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGc > 2:349259/1‑104 (MQ=255) ttAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGc < 1:583854/104‑1 (MQ=255) aaaTTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATa > 3:548939/1‑149 (MQ=255) aaTTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGttatta < 2:987748/76‑1 (MQ=255) aaTTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGttatta > 1:987748/1‑76 (MQ=255) aaTTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCttt < 1:401913/119‑1 (MQ=255) aaTTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCttt > 2:401913/1‑119 (MQ=255) ttACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTa < 3:1374855/130‑1 (MQ=255) ttACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTa > 4:1374855/1‑130 (MQ=255) tACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTg < 3:348680/49‑1 (MQ=255) tACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTg > 4:348680/1‑49 (MQ=255) ccACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATc > 1:722313/1‑63 (MQ=255) ccACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCaa < 4:548939/149‑1 (MQ=255) ccACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCaa > 4:317704/1‑149 (MQ=255) ccACACCAGCTGGACATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATc < 2:722313/63‑1 (MQ=255) cacCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGAt < 2:646844/55‑1 (MQ=255) cacCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGAt > 1:646844/1‑55 (MQ=255) ggATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCaaa > 1:1095106/1‑112 (MQ=255) ggATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCaaa < 2:1095106/112‑1 (MQ=255) gATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGa < 2:950660/121‑1 (MQ=255) gATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATaa > 4:1161111/1‑132 (MQ=255) gATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGCGa > 1:950660/1‑121 (MQ=255) gATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACCTAGAGTGATCAACCAATaa < 3:1161111/132‑1 (MQ=255) | TCATATTGTTCCATTAGGTGCCTCGGATTTGCTAAAAAGGTAGCAATTGCGGCAAATTCACTTGCCGCATCTTTATCATCATTTTATTTCAAGGCGCAGGAACAAATAATATTGACAACGTGTGCTTAAATTACCACACCAGCTGGATATTATTGTCTTTGCAAAATGCTATCCACTCTGCACCCGGTGATTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAA > NC_000913/1853966‑1854247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |