| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,872,130 | C→T | 8.1% | A30A (GCC→GCT) | yeaJ → | putative diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,872,130 | 0 | C | T | 8.1% | 352.9 / 17.1 | 111 | A30A (GCC→GCT) | yeaJ | putative diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/53); new base T (5/4); total (54/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGAACTTTATCTGGTTTTCTCGTTTCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCTATATCGTGCAGAAAGCAGACTCCTCCTTTCTTTATGATAAGTATCAGAATCAGAGTATTGCCGCGCATGTGATGCGCGCTCTCGCTGCTGAGCAGTCGGAAGTGTCGCCA > NC_000913/1871990‑1872271 | cGAACTTTATCTGGTTTTCTCGTTTCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACag < 4:192648/149‑1 (MQ=255) tCTGGTTTTCTCGTTTCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAg < 1:149353/149‑1 (MQ=255) gTTTTCTCGTTTCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGa > 3:1056428/1‑144 (MQ=255) gTTTTCTCGTTTCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGa < 4:1056428/144‑1 (MQ=255) ctcGTTTCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCTGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCt < 2:367494/149‑1 (MQ=255) tttCACTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTgcgc > 2:1015162/1‑149 (MQ=255) aCTAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCtata > 2:488218/1‑149 (MQ=255) tAACCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCTATATc > 3:968424/1‑149 (MQ=255) aaCCGAAGGAGTGCCATTTATCATGAAATTGCACCATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCTATATCg < 1:599370/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGc < 3:200435/89‑1 (MQ=255) cATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCTATATCGTGCAGAAAGCAGa > 3:746423/1‑128 (MQ=255) cATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCTATATCGTGCAGAAAGCAGACTCCTCCTTTCTTTATGAt < 2:350979/147‑1 (MQ=255) cATAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAATGAGTGCCTATCTGCGCTATATCGTGCAGAAAGCAGACTCCTCCTTTCTTTATGAt > 1:350979/1‑147 (MQ=255) tAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAAt < 3:212187/90‑1 (MQ=255) tAGAATGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAAt > 4:212187/1‑90 (MQ=255) aaTGCTCCGGCATTTTATCGCCGCAAGTGTCATTGTGCTGACATCTTCCTTCCTTATTTTTGAACTTGTCGCCAGCGACAGAGCAAt > 4:1080834/1‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |