| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,044,729 | T→A | 9.0% | intergenic (+105/‑209) | asnT → / → yeeJ | tRNA‑Asn/putative adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,044,729 | 0 | T | A | 9.0% | 225.0 / 9.7 | 66 | intergenic (+105/‑209) | asnT/yeeJ | tRNA‑Asn/putative adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/32); new base A (2/4); total (30/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTT > NC_000913/2044582‑2044877 | gTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATg < 3:1173323/149‑1 (MQ=255)gTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATg < 2:1031929/149‑1 (MQ=255) ttAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATgg > 4:1067447/1‑149 (MQ=255) 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caagaggggagactactgaataactcaagttttataatcgaggggaaaatggtgatggcgttcatagcaaaaCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAg < 1:599975‑M1/23‑1 (MQ=255) caagaggggagactactgaataactcaagttttataatcgaggggaaaatggtgatggcgttcatagcaaaaCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAg > 2:599975‑M1/73‑95 (MQ=255) tAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTAtt < 3:1067447/149‑1 (MQ=255) gTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGtct > 4:591327/1‑149 (MQ=255) tgaataactcaagttttataatcgaggggaaaatggtgatggcgttcatagcaaaaCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAgg > 2:1376877‑M1/57‑80 (MQ=255) tgaataactcaagttttataatcgaggggaaaatggtgatggcgttcatagcaaaaCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAgg < 1:1376877‑M1/24‑1 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTAt < 3:927967/81‑1 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTAt > 4:927967/1‑81 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACtt > 2:507117/1‑118 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACtt < 1:507117/118‑1 (MQ=255) ttGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACt > 1:1138737/1‑149 (MQ=255) gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTg > 2:381992/1‑75 (MQ=255) gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTg < 1:381992/75‑1 (MQ=255) gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCGTTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGa < 3:1441106/118‑1 (MQ=255) gAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCGTTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGa > 4:1441106/1‑118 (MQ=255) aTTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACAcc > 2:26476/1‑149 (MQ=255) ttGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTccc > 4:808484/1‑95 (MQ=255) ttGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTccc < 3:808484/95‑1 (MQ=255) aatcgaggggaaaatggtgatggcgttcatagcaaaaCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAg > 3:1444400‑M1/38‑60 (MQ=255) aatcgaggggaaaatggtgatggcgttcatagcaaaaCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAg < 4:1444400‑M1/23‑1 (MQ=255) tAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGc < 2:1138737/149‑1 (MQ=255) tAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGc < 3:591327/149‑1 (MQ=255) tAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGc < 1:26476/149‑1 (MQ=255) aTAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCagta < 4:332247/110‑1 (MQ=255) aTAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCagta > 3:332247/1‑110 (MQ=255) ggTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGt > 3:1346862/1‑149 (MQ=255) gTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTcccc > 4:1426811/1‑75 (MQ=255) gTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTcccc < 3:1426811/75‑1 (MQ=255) tttAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGttatt < 4:1346862/149‑1 (MQ=255) aaCATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAAt > 2:1153232/1‑149 (MQ=255) aCATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAAc > 1:1344736/1‑134 (MQ=255) aCATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAAc < 2:1344736/134‑1 (MQ=255) cTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGaaaa > 1:1137560/1‑135 (MQ=255) cTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGaaaa < 2:1137560/135‑1 (MQ=255) aaCGCCCTCAACCATAAAGGTCGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTAtt < 3:908834‑M1/81‑1 (MQ=255) aaCGCCCTCAACCATAAAGGTCGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTAtt > 4:908834‑M1/3‑83 (MQ=255) CCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTg < 3:713377‑M1/149‑1 (MQ=255) CTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAAttt < 3:231614‑M1/136‑1 (MQ=255) CTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAAttt > 4:231614‑M1/1‑136 (MQ=255) gACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTaa > 1:1089476/1‑130 (MQ=255) gACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTaa < 2:1089476/130‑1 (MQ=255) tttATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGt > 1:1010836/1‑149 (MQ=255) tGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTAttt > 4:1164397/1‑149 (MQ=255) | GTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATCAGTATTT > NC_000913/2044582‑2044877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |