| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,558,855 | G→T | 5.2% | intergenic (‑176/‑3) | eutB ← / → intZ | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain/CPZ‑55 prophage; putative phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,558,855 | 0 | G | T | 5.2% | 700.3 / 19.4 | 193 | intergenic (‑176/‑3) | eutB/intZ | ethanolamine ammonia‑lyase, large subunit, heavy chain/CPZ‑55 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/95); new base T (4/6); total (92/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
ATTGGCATTTTTCACAGCATTCTAACAATCACGTTTCATCGTCAGCCCTTGTCGTGTAAGGTGGTTGCCTAAACACGCCCGTTATTCATCACGCCGAACGCGCCGGATACATGATCGGGGTTATCCAGTCGTTAAATCAAGGTATCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCT > NC_000913/2558707‑2559003 | gCATTTTTCACAGCATTCTAACAATCACGTTTCATCGTCAGCCCTTGTCGTGTAAGGTGGTTGCCTAAACACGCCCGTTATTCATCACGCCGAACGCGCCGGATACATGATCGGGGTTATCCAGTCGTTAAATCAAGGTATCCGGtttt > 4:1428450/1‑149 (MQ=255) tttttCACAGCATTCTAACAATCACGTTTCATCGTCAGCCCTTGTCGTGTAAGGTGGTTGCCTAAACACGCCCGTTATTCATCACGCCGAACGCGCCGGATACATGATCGGGGTTATCCAGTCGTTAAATCAAGGTATCCGGTTTTGAg > 4:1443347/1‑149 (MQ=255) ttCACAGCATTCTAACAATCACGTTTCATCGTCAGCCCTTGTCGTGTAAGGTGGTTGCCTAAACACGCCCGTTATTCATCACGCCGAACGCGCCGGATACATGATCGGGGTTATCCAGTCGTTAAATCAAGGTATCCGGTTTTGAGCaa < 2:464253/149‑1 (MQ=255) 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ttAAATCAAGGTATCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTgg > 3:68774/1‑149 (MQ=255) aaTCAAGGTATCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGt < 3:949081/121‑1 (MQ=255) aaTCAAGGTATCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGt > 4:949081/1‑121 (MQ=255) ggTATCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCCGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAgg < 2:1249741/149‑1 (MQ=255) tCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAAc < 4:1182045/121‑1 (MQ=255) tCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAAc > 3:1182045/1‑121 (MQ=255) tCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAg < 1:609108/144‑1 (MQ=255) | ATTGGCATTTTTCACAGCATTCTAACAATCACGTTTCATCGTCAGCCCTTGTCGTGTAAGGTGGTTGCCTAAACACGCCCGTTATTCATCACGCCGAACGCGCCGGATACATGATCGGGGTTATCCAGTCGTTAAATCAAGGTATCCGGTTTTGAGCAAGACACCACTCACAGCAAAGGCCATAGACGCCGCACAGCCGCAGGACAAGCCCTATAAACTCACCGATTCACTGACGCCGGGGCTGTTTTTGCTGGTGCATCCCAACGGTTCGAAATACTGGCGATTCAGGTATTGGCT > NC_000913/2558707‑2559003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |