| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,598,014 | A→T | 5.0% | S284S (TCT→TCA) | bamC ← | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,598,014 | 0 | A | T | 5.0% | 509.4 / 12.9 | 139 | S284S (TCT→TCA) | bamC | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/65); new base T (3/4); total (70/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GTCGTTCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGTCAT > NC_000913/2597870‑2598162 | gtcgtTCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACa > 2:934451/1‑149 (MQ=255) tcgtTCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAg > 2:409395/1‑149 (MQ=255) tcgtTCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACGGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAg > 1:561376/1‑149 (MQ=255) ttCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCTGACAGCga > 1:576808/1‑148 (MQ=255) ttCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCgg < 3:600372/149‑1 (MQ=255) ttCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCgg > 4:1392382/1‑149 (MQ=255) ttCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCgg > 4:600372/1‑149 (MQ=255) tGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCTGACAGCGACtg < 2:576808/149‑2 (MQ=255) tGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGCCGCTGTCTGACAGCGACtg < 2:554400/149‑2 (MQ=255) ctctGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTtata < 1:934451/149‑1 (MQ=255) tctGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCa > 3:416345/1‑134 (MQ=255) tctGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCa < 4:416345/134‑1 (MQ=255) tctGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa < 2:192668/149‑1 (MQ=255) tctGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa < 1:409395/149‑1 (MQ=255) tctGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa > 3:96281/1‑149 (MQ=255) gAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGtt < 1:1319264/149‑1 (MQ=255) gTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTAc > 3:914407/1‑149 (MQ=255) tCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACg < 4:710904/149‑1 (MQ=255) gTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTAc < 2:897723/143‑1 (MQ=255) gTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTAc > 1:897723/1‑143 (MQ=255) tGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa > 4:3520/1‑135 (MQ=255) tGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa < 3:3520/135‑1 (MQ=255) ccTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGcc < 3:1392382/149‑1 (MQ=255) cTTTCGGATCGATGCACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa > 3:107695/1‑131 (MQ=255) cTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATaa < 4:107695/131‑1 (MQ=255) 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cTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAg > 2:839496/1‑144 (MQ=255) cTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAg < 1:839496/144‑1 (MQ=255) cTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTg > 1:1210480/1‑149 (MQ=255) ccAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAAc < 1:430869/53‑1 (MQ=255) ccAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACAt > 4:989669/1‑119 (MQ=255) cAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACAt < 4:168527/118‑1 (MQ=255) cAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACAt > 3:168527/1‑118 (MQ=255) gccGCTGTCTGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGcgcc > 2:1045331/3‑91 (MQ=255) gccGCTGTCTGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGcgcc < 1:1045331/89‑1 (MQ=255) cTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGgt < 3:31128/149‑1 (MQ=255) gTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACttt > 4:1023569/1‑63 (MQ=255) gTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGgtgt < 3:688033/149‑1 (MQ=255) aGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGGCGCTggaaa > 4:1081601/1‑87 (MQ=255) aGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGGCGCTggaaa < 3:1081601/90‑4 (MQ=255) aGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGtcat > 4:1461471/1‑149 (MQ=255) aGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGtcat > 2:120250/1‑149 (MQ=255) | GTCGTTCTGACTCTGAGTCAGAGTATGACCTTTCGGATCGATGAACTGTAGGCTGCTGCGGTTATCTAAATCGCCAACCTGCAGTTTATAGTCACCGGATGCCAGGCCTGGATCGCTCGCGCCCAGTTCCTGCCAGTCGCTGTCAGACAGCGGCTTATAAGTTACGGCCATGTTGCCCTGCGAACGGGTGCTGTCGGTCACTTTCATGCCCACTTTTTCCAGCGCCGCTGGCAGACGTTGCCAAACCACATTGAACGGCCCGCGTACGACCAGCATTGGTAAACCGGTGTCAT > NC_000913/2597870‑2598162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |