| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 231,959 | G→T | 6.0% | G12C (GGC→TGC) | yafE → | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 231,959 | 0 | G | T | 6.0% | 413.4 / 13.4 | 117 | G12C (GGC→TGC) | yafE | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/52); new base T (4/3); total (62/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAAC > NC_000913/231815‑232105 | gTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGgcgc > 2:42660/1‑149 (MQ=255) tGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGtggtgg > 3:237634/1‑149 (MQ=255) gAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGc > 2:209904/1‑149 (MQ=255) aGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAGCGCCAAACGttg > 4:1228523/1‑132 (MQ=255) aGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAGCGCCAAACGttg < 3:1228523/134‑3 (MQ=255) gCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTa > 4:307487/1‑149 (MQ=255) ttCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATg > 1:103554/1‑149 (MQ=255) tACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTa > 1:1362737/1‑149 (MQ=255) aCTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTAt < 1:42660/149‑1 (MQ=255) ttACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGcc < 1:508446/149‑1 (MQ=255) aCGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCca < 3:307487/149‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCcaca > 2:901023/1‑149 (MQ=255) ccGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCt > 4:625928/1‑95 (MQ=255) ccGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCt < 3:625928/95‑1 (MQ=255) ccGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGAt < 2:103554/149‑1 (MQ=255) cGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTAt < 2:193269/131‑1 (MQ=255) cGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTAt > 1:193269/1‑131 (MQ=255) aTCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGgtggtg > 4:1213567/1‑116 (MQ=255) aTCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGgtggtg < 3:1213567/116‑1 (MQ=255) caATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACATGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCt > 1:404148/1‑127 (MQ=255) caATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACATGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCt < 2:404148/127‑1 (MQ=255) 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cGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAgcgc > 4:112746/1‑93 (MQ=255) cGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAgcgc < 3:112746/93‑1 (MQ=255) ttGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGaa > 4:381597/1‑149 (MQ=255) aaTTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGt < 3:791306/130‑1 (MQ=255) aTTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGa < 1:529230/102‑1 (MQ=255) aTTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGa > 2:529230/1‑102 (MQ=255) aTTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGccc < 2:1362737/149‑1 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tCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACaa > 4:251305/1‑130 (MQ=255) tCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAAc < 3:292299/149‑1 (MQ=255) cGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAg > 1:157718/1‑128 (MQ=255) cGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAg < 2:157718/128‑1 (MQ=255) ggCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGaa > 2:129998/1‑149 (MQ=255) aGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAat < 1:889358/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |