| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 231,964 | T→A | 6.0% | A13A (GCT→GCA) | yafE → | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 231,964 | 0 | T | A | 6.0% | 426.2 / 13.6 | 117 | A13A (GCT→GCA) | yafE | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/53); new base A (4/3); total (61/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATT > NC_000913/231825‑232110 | gTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAAc > 4:1070778/1‑149 (MQ=255) gTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTg < 3:1070778/149‑1 (MQ=255) gAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGc > 2:209904/1‑149 (MQ=255) aGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTTGCGCAGCGCCAAACGttg > 4:1228523/1‑132 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aCTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTAt < 1:42660/149‑1 (MQ=255) ttACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGcc < 1:508446/149‑1 (MQ=255) aCGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCca < 3:307487/149‑1 (MQ=255) ccGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCt > 4:625928/1‑95 (MQ=255) ccGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGAt < 2:103554/149‑1 (MQ=255) cGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTAt > 1:193269/1‑131 (MQ=255) 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> 1:1119960/1‑81 (MQ=255) aaCGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGc < 2:1119960/81‑1 (MQ=255) aaCGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATc > 4:157337/1‑109 (MQ=255) aaCGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATc < 3:157337/109‑1 (MQ=255) aaCGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGcc < 2:1050893/130‑1 (MQ=255) aaCGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGcc > 1:1050893/1‑130 (MQ=255) aCGTTTTGCGCAGCGCCAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGa > 1:1037523/1‑149 (MQ=255) gTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGaaa < 4:31659/100‑1 (MQ=255) gTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGaaa > 3:31659/1‑100 (MQ=255) tttGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATaa > 1:89554/1‑149 (MQ=255) ttGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAAc < 4:562466/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGa > 4:1442527/1‑94 (MQ=255) ggCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGa < 3:1442527/94‑1 (MQ=255) gcTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCAtt < 4:215453/149‑1 (MQ=255) | GTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATT > NC_000913/231825‑232110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |