| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 231,969 | A→C | 5.8% | Q15P (CAA→CCA) | yafE → | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 231,969 | 0 | A | C | 5.8% | 433.0 / 16.3 | 120 | Q15P (CAA→CCA) | yafE | putative S‑adenosyl‑L‑methionine‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/54); new base C (4/3); total (63/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATTTGATATT > NC_000913/231825‑232117 | gTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAAc > 4:1070778/1‑149 (MQ=255) gTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTg < 3:1070778/149‑1 (MQ=255) tGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCTTCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGtggtgg > 3:237634/1‑149 (MQ=255) 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caATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACATGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCt < 2:404148/127‑1 (MQ=255) aaTCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCaaaa < 4:375750/95‑1 (MQ=255) aaTCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCaaaa > 3:375750/1‑95 (MQ=255) aaTCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGa < 3:135123/119‑1 (MQ=255) aaTCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGa > 4:135123/1‑119 (MQ=255) tCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGcac > 3:139873/1‑149 (MQ=255) cGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGa < 1:849797/96‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |