| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,192,132 | T→A | 5.3% | intergenic (‑193/‑76) | glgS ← / → yqiJ | motility and biofilm regulator/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,192,132 | 0 | T | A | 5.3% | 274.7 / 5.0 | 75 | intergenic (‑193/‑76) | glgS/yqiJ | motility and biofilm regulator/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/34); new base A (2/2); total (39/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
TTTCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGTAAGCAAGGAAACTATTACAAAGTAAATATTGCGTCACTAAATGGACATTGGAGTGATATATGATTTTATTCGCCGACTATAACACCCCTTATCTTTTCGCTATTTCCTTTGTACTGTTGATCGGCCTGTT > NC_000913/3191985‑3192278 | tttCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGttattatt < 2:943430/149‑1 (MQ=255) tCTGATTTCAGTATTCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTaa < 3:1439223/149‑1 (MQ=255) ttCCCCAATCAGTGTAGTGCCTTTAAACATAACGTGCGTAAATATATTGTCCCCGATCACACTTTTTAGTGAAAAATAAAAAACCATATTAAAAGACTTTCTCTTCCAGAACTTCTCTAACCTGTGTTATTATTAACACAGATAAATGt > 2:1372338/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |