| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,314,870 | T→A | 6.4% | D382V (GAC→GTC) | infB ← | translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,314,870 | 0 | T | A | 6.4% | 512.7 / 18.4 | 141 | D382V (GAC→GTC) | infB | translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (64/68); new base A (5/4); total (69/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTTGA > NC_000913/3314726‑3315017 | gCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAAAGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACg > 3:519678/1‑149 (MQ=255) aCCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGt < 3:1015759/149‑1 (MQ=255) cAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCg > 2:625333/1‑149 (MQ=255) 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ttCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCa > 3:325269/1‑149 (MQ=255) tCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTcc > 3:689411/1‑111 (MQ=255) tCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTcc < 4:689411/111‑1 (MQ=255) gCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATaa < 1:104214/118‑1 (MQ=255) gCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATaa > 2:104214/1‑118 (MQ=255) ccGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTtc < 4:1151768/149‑1 (MQ=255) gagcgaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTgcgc > 4:830046/7‑138 (MQ=255) gcgaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGtt > 2:37971/5‑126 (MQ=255) gcgaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTtcatca > 1:789704/5‑148 (MQ=255) gcgaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTtcatca < 2:789704/144‑1 (MQ=255) gcgaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTcatcat > 1:762450/5‑149 (MQ=255) gaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTc < 4:1121160/97‑1 (MQ=255) gaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTc > 3:1121160/3‑99 (MQ=255) aCCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCATGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTc > 3:887268/1‑78 (MQ=255) aCCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTc < 4:887268/78‑1 (MQ=255) cccGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTAt < 4:468212/64‑1 (MQ=255) gtgtCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCttt < 4:916573/149‑1 (MQ=255) gtCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTtga > 1:77060/1‑149 (MQ=255) gtCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTtga < 2:77060/149‑1 (MQ=255) tCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGccc > 3:788906/1‑63 (MQ=255) | GCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTTGA > NC_000913/3314726‑3315017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |