| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,314,877 | C→T | 6.1% | D380N (GAC→AAC) ‡ | infB ← | translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,314,877 | 0 | C | T | 6.1% | 495.4 / 15.8 | 147 | D380N (GAC→AAC) ‡ | infB | translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/72); new base T (5/4); total (71/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTTGATGACCTGA > NC_000913/3314730‑3315025 | cAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCg > 2:625333/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCctc < 3:1145815/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCctct < 1:625333/149‑1 (MQ=255) 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gaccGTGACACGGGTGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTc < 4:1121160/97‑1 (MQ=255) aCCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTc < 4:887268/78‑1 (MQ=255) cccGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTAt > 3:468212/1‑64 (MQ=255) cccGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTg > 2:944518/1‑113 (MQ=255) cccGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTg < 1:944518/113‑1 (MQ=255) cccGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTg > 2:1357162/1‑113 (MQ=255) gtgtCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCttt < 4:916573/149‑1 (MQ=255) gtCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTtga > 1:77060/1‑149 (MQ=255) cACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTgc < 2:560262/124‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTc > 2:1297174/1‑90 (MQ=255) aCGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTc < 1:1297174/90‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTtgatga > 2:579821/1‑149 (MQ=255) | CAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGTTGAACGAATGTAGTCCAGCAGAGAGGTTTTACCGTGGTCAACGTGACCCATGATGGTCACAACCGGCGCGCGCGGTTCAGCCGCAGCACCCGTGTCACGGTCGCTCATTACCGCCTCTTCCAGCTCGTTTTCACGACGCAGGATAACTTTATGGCCCATCTCTTCAGCAACCAGCTGTGCGGTTTCCTGATCGATAACCTGGTTGATGGTTGCCATTGCGCCCAGTTTCATCATCGCTTTGATGACCTGA > NC_000913/3314730‑3315025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |