| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,257,783 | C→T | 5.7% | L10L (TTG→TTA) | ychF ← | catalase inhibitor protein; ATPase, K+‑dependent, ribosome‑associated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,257,783 | 0 | C | T | 5.7% | 233.4 / 3.8 | 70 | L10L (TTG→TTA) | ychF | catalase inhibitor protein; ATPase, K+‑dependent, ribosome‑associated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/30); new base T (2/2); total (38/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
TTACGATTTCAGCCAGTTGATCCAGGCGAGGATCAGGCATTGGTACGACGCCTGTGTTCGGCTCAATGGTGCAGAATGGAAAGTTGGCCGCTTCAATACCGGCTTTGGTCAGCGCGTTGAACAGGGTAGATTTCCCGACGTTGGGCAAACCGACGATACCGCATTTGAATCCCATGATTTAAATCACCTTAATATCTTAATAATCAACCTGTTATTGCTAACAGATTGCAGAAATGGAAATAACTTTGCCTATTATACACGGCACTCGGCAAAAATGCCGCAGACAACGACTT > NC_000913/1257638‑1257930 | ttACGATTTCAGCCAGTTGATCCAGGCGAGGATCAGGCATTGGTACGACGCCTGTGTTCGGCTCAATGGTGCAGAATGGAAAGTTGGCCGCTTCAATACCGGCTTTGGTCAGCGCGTTGAACAGGGTAGATTTCCCGACGTTGGGCaaa > 3:233253/1‑149 (MQ=255) gATTTCAGCCAGTTGATCCAGGCGAGGATCAGGCATTGGTACGACGCCTGTGTTCGGCTCAATGGTGCAGAATGGAAAGTTGGCCGCTTCAATACCGGCTTTGGTCAGCGCGTTGAACAGGGTAGATTTCCCGACGTTGGGCAAACcga < 4:641087/149‑1 (MQ=255) aTTTCAGCCAGTTGATCCAGGCGAGGATCAGGCATTGGTACGACGCCTGTGTTCGGCTCAATGGTGCAGAATGGAAAGTTGGCCGCTTCAATACCGGCTTTGGTCAGCGCGTTGAACAGGGTAGATTTCCCGACGTTGGGCAAACcgac < 3:449855/149‑1 (MQ=255) 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gCAAACCGACGATACCGCATTTGAATCCCATGATTTAAATCACCTTAATATCTTAATAATCAACCTGTTATTGCTAACAGATTGCAGAAATGGAAATAACTTTGCCTATTATACACGGCACTCGGCAAAAATGCCGCAGACAACGACtt > 1:114784/1‑149 (MQ=255) | TTACGATTTCAGCCAGTTGATCCAGGCGAGGATCAGGCATTGGTACGACGCCTGTGTTCGGCTCAATGGTGCAGAATGGAAAGTTGGCCGCTTCAATACCGGCTTTGGTCAGCGCGTTGAACAGGGTAGATTTCCCGACGTTGGGCAAACCGACGATACCGCATTTGAATCCCATGATTTAAATCACCTTAATATCTTAATAATCAACCTGTTATTGCTAACAGATTGCAGAAATGGAAATAACTTTGCCTATTATACACGGCACTCGGCAAAAATGCCGCAGACAACGACTT > NC_000913/1257638‑1257930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |