| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,089,854 | A→T | 7.2% | intergenic (‑141/‑142) | yefM ← / → hisL | antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin system/his operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,089,854 | 0 | A | T | 7.2% | 237.7 / 8.2 | 69 | intergenic (‑141/‑142) | yefM/hisL | antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin system/his operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/31); new base T (3/2); total (36/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
ATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTAT > NC_000913/2089712‑2089997 | aTGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCctc > 3:82617/1‑149 (MQ=255) gTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCtt < 1:347597/149‑1 (MQ=255) tcctcTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGccccc > 2:392304/1‑149 (MQ=255) tcctcTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGccccc > 3:311422/1‑149 (MQ=255) ctTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCcctcct < 3:144702/149‑1 (MQ=255) ttttGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCtt > 2:48329/1‑149 (MQ=255) ttttGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCtt < 3:234195/149‑1 (MQ=255) tACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTcccc > 3:494133/1‑149 (MQ=255) cAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACTGTCCTCTTa > 4:150615/1‑131 (MQ=255) 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aGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCa < 4:494133/149‑1 (MQ=255) gCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCAt < 1:330042/149‑1 (MQ=255) gTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTg > 1:669536/1‑149 (MQ=255) aCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaaaa < 4:311422/149‑1 (MQ=255) aCTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATaaaa < 4:82617/149‑1 (MQ=255) 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aaGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTaa < 4:348835/149‑1 (MQ=255) tATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTg > 2:453425/1‑149 (MQ=255) gTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAg > 3:492300/1‑149 (MQ=255) tGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGtt < 2:187181/149‑1 (MQ=255) agaCGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTa < 2:320482/149‑1 (MQ=255) gAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGtt > 2:173904/1‑149 (MQ=255) gAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGtt > 4:2372/1‑149 (MQ=255) gAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGtt > 4:504496/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGc > 4:414485/1‑119 (MQ=255) aTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGc < 3:414485/119‑1 (MQ=255) aTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa > 4:635723/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa < 1:173904/149‑1 (MQ=255) aTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa < 2:112982/149‑1 (MQ=255) aTCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa < 3:504496/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCt > 4:357505/1‑119 (MQ=255) tCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCt < 3:357505/119‑1 (MQ=255) tCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTa < 3:433031/140‑1 (MQ=255) tCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTa > 4:433031/1‑140 (MQ=255) tCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAg > 4:153522/1‑149 (MQ=255) ccAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGa < 1:65339/149‑1 (MQ=255) cAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGAc < 2:669536/149‑1 (MQ=255) aGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAg < 2:200191/138‑1 (MQ=255) aGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAg > 1:200191/1‑138 (MQ=255) tGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTc < 3:153522/149‑1 (MQ=255) gCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTca < 3:2372/149‑1 (MQ=255) cATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTcacg > 1:205565/1‑148 (MQ=255) cATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTcaca > 4:657469/1‑149 (MQ=255) tAAGAGGACTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACtt > 4:142735/1‑149 (MQ=255) tAAGAGGACTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACtt > 1:546583/1‑149 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATaaa < 4:516739/134‑1 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATaaa > 3:516739/1‑134 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACa > 1:100683/1‑136 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACa < 2:100683/136‑1 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACtt < 4:517659/149‑1 (MQ=255) agagGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa > 1:137955/1‑115 (MQ=255) agagGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTaaaa < 2:137955/115‑1 (MQ=255) gagGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTa < 3:635723/149‑1 (MQ=255) gagGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTa > 3:476030/1‑149 (MQ=255) agGACTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTAt < 2:546583/149‑1 (MQ=255) agGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTTAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTAt < 1:453425/149‑1 (MQ=255) | ATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTAT > NC_000913/2089712‑2089997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |