| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,906,828 | A→T | 14.3% | intergenic (‑261/+25) | bglG ← / ← phoU | transcriptional antiterminator of the bgl operon/negative regulator of PhoR/PhoB two‑component regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,906,828 | 0 | A | T | 14.3% | 72.0 / 6.6 | 28 | intergenic (‑261/+25) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator of the bgl operon/negative regulator of PhoR/PhoB two‑component regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/11); new base T (2/2); total (15/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
GAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGT > NC_000913/3906699‑3906968 | gAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGa > 2:625835/1‑141 (MQ=255)gAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGa < 1:625835/141‑1 (MQ=255) tGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTa < 2:131711/149‑1 (MQ=255) aGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa > 4:60170/1‑101 (MQ=255) aGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa < 3:60170/101‑1 (MQ=255) cTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa > 3:337896/1‑92 (MQ=255) cTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa < 4:337896/92‑1 (MQ=255) ttGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGc < 4:142801/136‑1 (MQ=255) ttGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGc > 3:142801/1‑136 (MQ=255) ttGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATcc > 3:134251/1‑149 (MQ=255) aaaaTATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTAt < 1:583915/141‑1 (MQ=255) aaaaTATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTAt > 2:583915/1‑141 (MQ=255) aCCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCAcc > 1:690158/1‑149 (MQ=255) aTGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAACTTAA‑TTATTGGGa > 2:130681/1‑82 (MQ=38) aTGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGa < 1:130681/82‑1 (MQ=38) taACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCt < 2:690158/149‑1 (MQ=255) aCTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATc < 4:241210/115‑1 (MQ=255) aCTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATc > 3:241210/1‑115 (MQ=255) tgtgTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATc < 2:54449/111‑1 (MQ=255) tgtgTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATc > 1:54449/1‑111 (MQ=255) atAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCa < 4:134251/148‑1 (MQ=255) ataAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATaaa < 1:484838/149‑1 (MQ=255) tatataACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAat > 3:343026/1‑149 (MQ=255) accagaCAAATCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACaa > 3:37921/6‑146 (MQ=39) accagaCAAATCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACaa < 4:37921/141‑1 (MQ=255) ataACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCAGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATAtt > 4:399011/1‑149 (MQ=255) taACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGCCGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACt < 3:391456/138‑1 (MQ=255) taACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACt > 4:391456/1‑138 (MQ=255) aaCAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCt < 3:399011/149‑1 (MQ=255) aaaTCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGAGTTGTCTGGTGAGTTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACCGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAACATTCTGGc > 3:429593/1‑149 (MQ=255) cccAATAA‑CTTAATTAGTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCg > 2:662681/1‑149 (MQ=255) cAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGt > 1:230305/1‑149 (MQ=255) | GAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGT > NC_000913/3906699‑3906968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |