| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 847,203 | T→C | 5.5% | intergenic (‑84/+55) | glnP ← / ← glnH | glutamine transporter subunit/glutamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 847,203 | 0 | T | C | 5.5% | 332.1 / 5.8 | 104 | intergenic (‑84/+55) | glnP/glnH | glutamine transporter subunit/glutamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/48); new base C (2/4); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGT > NC_000913/847055‑847346 | gTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAAt > 4:10061/1‑149 (MQ=255) tCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATc > 4:481253/1‑149 (MQ=255) tCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATc > 1:648489/1‑149 (MQ=255) tCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATc > 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ttCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAgg > 1:858104/1‑149 (MQ=255) cAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCTATGGGGagag < 1:64871/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCTATGGGGagag < 2:407537/149‑1 (MQ=255) aGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAgg < 3:873361/149‑1 (MQ=255) gAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCTATGGGGAGAgga < 3:878542/149‑2 (MQ=255) aaGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCtctc < 4:154462/132‑1 (MQ=255) aaGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCtctc > 3:154462/1‑132 (MQ=255) aaGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCTATGGGGAGAggat < 1:843662/149‑3 (MQ=255) aGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGaa < 1:457822/149‑1 (MQ=255) gCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCTATGGGGAGAggatta < 4:307308/149‑5 (MQ=255) cGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACt < 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tGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAg < 4:722409/149‑1 (MQ=255) gCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGgt < 3:232076/149‑1 (MQ=255) gCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGgt < 2:780423/149‑1 (MQ=255) cTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTa > 4:226988/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTAAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAg > 2:371606/1‑149 (MQ=255) aGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGt > 3:630724/1‑149 (MQ=255) aGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGt < 4:240972/149‑1 (MQ=255) aaCTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGttatta > 4:579561/1‑149 (MQ=255) aCTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAgg < 1:593504/112‑1 (MQ=255) aCTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAgg > 2:593504/1‑112 (MQ=255) tGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTAttt > 1:608206/1‑149 (MQ=255) tGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTAttt > 1:75912/1‑149 (MQ=255) tatGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGt > 2:180449/1‑149 (MQ=255) atGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACCGGTGTAGCGTTATTATTTCGGtt < 3:882005/149‑1 (MQ=255) atGTTGTTCCTGTTACCGAGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATTGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGCTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGtt > 2:730799/1‑149 (MQ=255) ttgttCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAg > 3:578236/1‑149 (MQ=255) 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ccTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGa > 1:297933/1‑149 (MQ=255) cTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGAc < 2:608206/149‑1 (MQ=255) aCCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACttt > 1:303163/1‑149 (MQ=255) ccTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTTGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGt > 2:564009/1‑149 (MQ=255) tAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGt < 4:581075/147‑1 (MQ=255) tAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGt > 3:581075/1‑147 (MQ=255) | GTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGAGCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCATAGGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGT > NC_000913/847055‑847346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |