| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,178,848 | A→T | 5.1% | K86* (AAA→TAA) ‡ | nagK → | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,178,848 | 0 | A | T | 5.1% | 334.0 / 4.1 | 95 | K86* (AAA→TAA) ‡ | nagK | N‑acetyl‑D‑glucosamine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/47); new base T (3/2); total (46/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
GCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACC > NC_000913/1178704‑1178988 | gCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAcc > 1:855387/1‑149 (MQ=255) aTTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGc < 2:630719/149‑1 (MQ=255) tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCt > 1:194282/1‑149 (MQ=255) tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCt > 3:180366/1‑149 (MQ=255) tttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCt < 2:404792/149‑1 (MQ=255) ttttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTg > 2:133146/1‑149 (MQ=255) tttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCCGCGGTAAACCGCTGc < 4:652129/149‑1 (MQ=255) tttAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTgg < 2:112369/149‑2 (MQ=255) aTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAc < 1:708438/138‑1 (MQ=255) aTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAAc > 2:708438/1‑138 (MQ=255) aTGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGcc > 1:192337/1‑149 (MQ=255) tGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTTTACCGCTggcagcgg < 1:716159/149‑8 (MQ=255) gCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGa < 1:477866/149‑1 (MQ=255) gCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGa > 3:530123/1‑149 (MQ=255) aGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGAcc > 3:715051/1‑149 (MQ=255) gtgtgtGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCt > 2:18249/1‑149 (MQ=255) gtgtgtGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCt < 3:220554/149‑1 (MQ=255) aGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCa < 2:93214/149‑1 (MQ=255) gCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCAc < 1:482877/149‑1 (MQ=255) 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aCGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGcc > 3:426610/1‑149 (MQ=255) gTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCtt > 2:49419/1‑149 (MQ=255) tttGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGa < 1:57848/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGAt > 1:724948/1‑149 (MQ=255) tGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGa > 3:156917/1‑149 (MQ=255) 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aaGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGcc < 2:311025/149‑1 (MQ=255) aGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGa < 4:816748/144‑1 (MQ=255) aGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGa > 3:816748/1‑144 (MQ=255) ggTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCaa > 3:806125/1‑149 (MQ=255) ggTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCaa > 1:839603/1‑149 (MQ=255) 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ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa < 2:696773/149‑1 (MQ=255) ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa > 3:127137/1‑149 (MQ=255) ttCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGaa < 1:109602/149‑1 (MQ=255) cGGGAATGCCGTAAATAAATAATTGTATGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGACAGCGGTAAACCGCTCCGCGCCGACCTGAGCGGACGCGCTGATCGCGATGTACGCATGGAAAACGAGGCCAACTGTGCTGCCCTCTCAGAAGcc > 4:767453/1‑149 (MQ=255) gggAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCt > 2:159564/1‑149 (MQ=255) 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gCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCAc < 4:639520/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATGTCCACTGGTGa < 3:705948/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGa < 3:789413/149‑1 (MQ=255) gccgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGAt < 3:432446/149‑1 (MQ=255) cgccAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATgg > 2:695832/1‑149 (MQ=255) cAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGt < 1:868691/149‑1 (MQ=255) aaTGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGTACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGtt < 4:682932/149‑1 (MQ=255) tGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGATCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGa < 4:426610/149‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGAtt > 4:881055/1‑149 (MQ=255) cccGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATtct > 3:289690/1‑149 (MQ=255) gCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCgg < 3:746507/149‑1 (MQ=255) acgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 1:600160/4‑149 (MQ=255) acgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 1:606216/4‑149 (MQ=255) acgcAGCGGTTTACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCGTGATCGCGATGTACGACTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCATAAGCCTGGGATGATGAATTTCCTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCa > 4:106521/4‑149 (MQ=255) ccAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTCATCGCGATGTACGCCTTGATACCGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATATACTCAATATCCACTGTTGATTGGGGTGACTCTCGCCAcc < 4:820123/149‑1 (MQ=255) | GCATTTTTAGATGCAGTGTGTGAGCTGGTAGCTGAAGCTGACCAACGTTTTGGCTGTAAAGGTTCTGTCGGCATCGGTATTCCGGGAATGCCGGAAACAGAAGATGGTACGCTGTATGCCGCCAATGTCCCCGCTGCCAGCGGTAAACCGCTGCGTGCCGACCTGAGCGCACGTCTTGATCGCGATGTACGCCTTGATAACGATGCCAACTGTTTTGCCCTTTCAGAAGCCTGGGATGATGAATTTACTCAATATCCACTGGTGATGGGGTTGATTCTCGGCACC > NC_000913/1178704‑1178988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |