| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 167,295 | 0 | T | C | 6.2% | 309.7 / 8.1 | 96 | intergenic (+31/‑189) | mrcB/fhuA | fused glycosyl transferase and transpeptidase/ferrichrome outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/44); new base C (2/4); total (48/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTC > NC_000913/167147‑167443 | tCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGtt < 1:202382/149‑1 (MQ=255)tCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGtt > 2:146066/1‑149 (MQ=255)tCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGtt > 4:445811/1‑149 (MQ=255)tCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGtt 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TCCGTTTGATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAATCATTC > NC_000913/167147‑167443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |