| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,744,295 | T→A | 5.7% | F280Y (TTT→TAT) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,744,295 | 0 | T | A | 5.7% | 286.7 / 4.6 | 83 | F280Y (TTT→TAT) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/42); new base A (2/3); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
TCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTATGGCAACCCTGAC > NC_000913/1744149‑1744442 | tCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTAGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTa < 2:213859/149‑1 (MQ=255)tCCTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCAGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTa < 2:213049/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCTGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAg < 3:402544/149‑1 (MQ=255) ggTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCag < 4:528548/149‑2 (MQ=255) gTTATGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg < 4:541097/149‑3 (MQ=255) aTGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAAt < 1:259199/149‑1 (MQ=255) aTGAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAAt > 3:392071/1‑149 (MQ=255) gAAACGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:277650/1‑149 (MQ=255) aaaCGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGtt > 3:20213/1‑149 (MQ=255) cGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGt < 4:447271/149‑1 (MQ=255) cGACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGt < 4:787574/149‑1 (MQ=255) gACTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACCGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATCGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTg > 2:643638/1‑149 (MQ=255) aCTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 3:35390/1‑149 (MQ=255) aCTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 3:1701/1‑149 (MQ=255) cTGATTCAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCt < 1:644850/149‑1 (MQ=255) cAACTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAAt < 1:196862/149‑1 (MQ=255) accacGGTTTGCCGATTGCGCTGGCCCTGTACATTGAATTGACACTGTTTGCCGTCTTGGCTCTGTTACTGTCTGCGCTCGTTAGTGTTGCGGTCGAAGGACACCAGATTGCCCTGAACTATAGTTCACTCAGGTTCGTGCTTCCACTg > 4:648543/5‑149 (MQ=255) aaCTCGGTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATg > 3:71262/1‑149 (MQ=255) gTTTGCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg > 1:223926/1‑149 (MQ=255) gCCGATTGCGCTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcgg < 3:320791/149‑1 (MQ=255) gcTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTaa < 2:738918/149‑1 (MQ=255) gcTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTaa < 3:795979/149‑1 (MQ=255) cTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAAc < 2:568500/149‑1 (MQ=255) cTGGCACTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAAc < 2:269009/149‑1 (MQ=255) cACTGTTCTTTNAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc > 1:590100/1‑149 (MQ=255) aCTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATcc > 4:485252/1‑149 (MQ=255) cTGTTCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCcg > 3:384710/1‑149 (MQ=255) tCTTTGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTa < 1:471113/149‑1 (MQ=255) tttGAAGTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAgg > 3:379703/1‑149 (MQ=255) gTGACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCg > 1:561017/1‑149 (MQ=255) gACACTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTc > 3:833910/1‑149 (MQ=255) acacTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggc < 1:730247/116‑1 (MQ=255) acacTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggc > 2:730247/1‑116 (MQ=255) acacTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTAGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCt > 3:30121/1‑149 (MQ=255) cacTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTg > 2:44917/1‑149 (MQ=255) cacTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTg < 2:599199/149‑1 (MQ=255) acTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTgg < 2:277650/149‑1 (MQ=255) acTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTgg < 2:161351/149‑1 (MQ=255) acTGTTTGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTgg < 2:590100/149‑1 (MQ=255) ggCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCTCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGc < 1:155466/149‑1 (MQ=255) ggCTCTGTTAGTGTCTCAGCTCGGAATTGTTGATTTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGTACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTGTCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGc > 2:95117/1‑149 (MQ=255) gCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTa < 2:585184/120‑1 (MQ=255) gCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCAGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTa > 1:585184/1‑120 (MQ=255) ctctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCGGATTGCCCTGAACTTTAGTTCATTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCGACGCTg > 2:454542/1‑149 (MQ=255) ctctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTg < 1:855774/149‑1 (MQ=255) tctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTgg > 2:65778/1‑149 (MQ=255) tctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTgg > 2:890369/1‑149 (MQ=255) tctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg > 3:853907/1‑67 (MQ=255) tctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg < 4:853907/69‑3 (MQ=255) ctGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGa < 4:672505/149‑1 (MQ=255) ttAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATgc < 4:674647/149‑1 (MQ=255) 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ggTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGcgcg > 2:256792/1‑149 (MQ=255) gTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCgg > 1:852771/1‑149 (MQ=255) tATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGa < 4:35390/149‑1 (MQ=255) tATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGa < 4:53435/149‑1 (MQ=255) tgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGTCTGGGTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCg < 4:614219/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |