| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,954,443 | G→T | 6.5% | intergenic (+30/+135) | cmoB → / ← torZ | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent/trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,954,443 | 0 | G | T | 6.5% | 308.0 / 7.5 | 89 | intergenic (+30/+135) | cmoB/torZ | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent/trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/41); new base T (2/4); total (44/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
ACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGAACA > NC_000913/1954297‑1954590 | aCCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGaa > 3:455035/1‑149 (MQ=255) ccGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAAc > 4:238947/1‑149 (MQ=255) ccGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAAc < 4:163865/149‑1 (MQ=255) tggatggTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATAAGGCGTTCACGccgc > 1:720371/1‑147 (MQ=255) atggTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATAAGGCGTTCACGccgcatc < 4:30207/149‑6 (MQ=255) atggTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATAAGGCGTTCACGccgcatc < 2:720371/149‑6 (MQ=255) tACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGca < 2:320540/149‑2 (MQ=255) aCCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCt > 3:687791/1‑149 (MQ=255) tGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCtt < 1:871358/149‑1 (MQ=255) tGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCtt < 4:624080/149‑1 (MQ=255) tGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCtt < 3:238947/149‑1 (MQ=255) tGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCtt > 1:738331/1‑149 (MQ=255) gCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGc > 3:249159/1‑149 (MQ=255) gCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGc < 4:826628/149‑1 (MQ=255) gCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGc < 4:320394/149‑1 (MQ=255) gCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGGATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGc > 3:635154/1‑149 (MQ=255) tttCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAAtt > 2:77864/1‑149 (MQ=255) ttCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTc < 4:77435/149‑1 (MQ=255) ccTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCaa < 4:139529/149‑1 (MQ=255) ccTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCaa < 4:760747/149‑1 (MQ=255) ccTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCaa < 2:723933/149‑1 (MQ=255) aCCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAatatat < 2:101109/149‑1 (MQ=255) cccACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATAtt < 1:125206/149‑1 (MQ=255) ccACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTg > 2:373594/1‑149 (MQ=255) acaTGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCa < 4:465432/149‑1 (MQ=255) acaTGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCa > 1:164403/1‑149 (MQ=255) caTGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAg < 3:164774/149‑1 (MQ=255) aTGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAgg > 2:592963/1‑149 (MQ=255) aTGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGCGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAgg < 3:94297/149‑1 (MQ=255) gATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGa > 3:777632/1‑149 (MQ=255) tCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACt > 4:521656/1‑149 (MQ=255) tCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGAAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCAGCGTGAACACCTTATCCGGCCTACCAAACATTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACt > 2:824369/1‑149 (MQ=39) ccGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTa > 1:191894/1‑149 (MQ=255) 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aCGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCt > 4:825400/1‑149 (MQ=255) aCGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCt > 3:534238/1‑149 (MQ=255) ggTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGa < 3:405891/149‑1 (MQ=255) gTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGAt < 4:151264/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGt > 4:36098/1‑137 (MQ=255) 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1:281028/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAgcg > 3:87994/1‑149 (MQ=255) cTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCa > 4:619698/1‑149 (MQ=255) cTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCa > 1:79777/1‑149 (MQ=255) tAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAg > 3:10237/1‑149 (MQ=255) gcgGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACg > 4:594253/1‑149 (MQ=255) 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tATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGGAAACGGGCGCtga < 1:881618/149‑3 (MQ=255) ttACTGCCGGATGCGGCGTGAACACCTGATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCGATATGTTGCAGGGACTAGGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTc > 2:43907/1‑149 (MQ=25) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGt < 4:249159/149‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGt > 2:680940/1‑149 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGt > 1:764186/1‑149 (MQ=255) taaggcgTTCACGCCGCATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGACTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGTCGCTATTCACGTCTTACGc > 2:810466/4‑149 (MQ=25) tGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGc < 4:87994/149‑1 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAAc > 2:281728/1‑108 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAAc < 1:281728/108‑1 (MQ=255) cgTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGaa < 4:455035/149‑1 (MQ=255) gTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGAAc > 3:299664/1‑149 (MQ=255) gTGAACGCCCTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCTGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGaat > 4:759668/1‑148 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGAACa > 3:148379/1‑149 (MQ=255) | ACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATGTAGGCCTGATAAGCATAGCGCATCAGGCAGCTTTACGTTTGCATAACCTCAGCGCCCGTTTCCGGGCGCTATTCACGTCTTACGCCTGAACA > NC_000913/1954297‑1954590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |