| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,638,584 | A→T | 12.4% | F23L (TTT→TTA) | bamB ← | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,638,584 | 0 | A | T | 12.4% | 292.4 / 29.3 | 97 | F23L (TTT→TTA) | bamB | BamABCDE complex OM biogenesis lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/40); new base T (7/5); total (52/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
ACAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAATTATTAATTTTCATCTGCATCATTTCGCTCAGTGCCGGAGTAACATCGCTTTTCA > NC_000913/2638438‑2638730 | aCAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCGACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTaaa < 1:54318/149‑1 (MQ=255) cAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAAc < 4:667283/149‑1 (MQ=255) cAACGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAAc > 3:41251/1‑149 (MQ=255) aaCGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACa < 1:203617/149‑1 (MQ=255) aaCGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACa > 1:99358/1‑149 (MQ=255) aaCGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACa < 3:453110/149‑1 (MQ=255) cGTTGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCTGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGc < 3:787270/149‑1 (MQ=255) tGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGaa < 3:140566/149‑1 (MQ=255) tGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGaa < 1:866871/149‑1 (MQ=255) tGTCCGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGaa < 4:41251/149‑1 (MQ=255) cGCCAGTGCCGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGaagaag < 2:166192/149‑5 (MQ=255) gCCAGTGCTGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGcc < 2:193919/149‑1 (MQ=255) cGGATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTaaaa < 2:445192/149‑1 (MQ=255) gATGAAGATTGGAATAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAgg < 3:771373/149‑1 (MQ=255) 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tAGAAGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAg < 4:562839/149‑1 (MQ=255) aaGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTcc < 4:429769/149‑1 (MQ=255) aaGTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTcc > 2:241354/1‑149 (MQ=255) gTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACa > 1:86359/1‑110 (MQ=255) gTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACa < 2:86359/110‑1 (MQ=255) gTTGCCAATGCCGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGc < 4:83317/122‑1 (MQ=255) 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> 1:96329/1‑149 (MQ=255) ccGCTACCAACGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTaa < 4:16828/149‑1 (MQ=255) aaCGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCa > 1:534762/1‑149 (MQ=255) aCGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGaa < 4:425054/96‑1 (MQ=255) aCGGAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTTAACAGCGaa > 3:425054/1‑96 (MQ=255) gAAGTGCTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTg > 1:759970/1‑149 (MQ=255) cTCCACGCCGTGGTCGGCGTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCgg > 2:455165/1‑149 (MQ=255) 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gTAAACTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACa > 1:793280/1‑149 (MQ=255) aaCTGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAat > 4:509642/1‑149 (MQ=255) tGGTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAattat > 1:60168/1‑149 (MQ=255) ggTTTTCAACGGTTGGCAATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAattatt < 4:463279/149‑1 (MQ=255) gTTTTCAACGGTTGGCGATGGGGACATCTTTACCACATCTTCTTCGCTGTTAAACAGCGAACAGCCGCTTAAAAGGGTAACGGAAAGCAGTCCTGGCAGCAGTAATTTACGCAATTGCATCGGGTCCCTCTCAGATGGACAAAttatta > 1:447161/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |