| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,044,327 | C→G | 5.3% | S222R (AGC→AGG) | bglA → | 6‑phospho‑beta‑glucosidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,044,327 | 0 | C | G | 5.3% | 320.6 / 4.2 | 93 | S222R (AGC→AGG) | bglA | 6‑phospho‑beta‑glucosidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/49); new base G (3/2); total (42/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
ATACTGGATGACCTTCAACGAAATTAACAACCAGCGTAACTGGCGTGCACCGCTGTTCGGTTACTGCTGCTCCGGCGTGGTGTATACCGAGCATGAAAACCCGGAAGAGACGATGTATCAGGTGCTGCATCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTT > NC_000913/3044180‑3044470 | aTACTGGATGACCTTCAACGAAATTAACAACCAGCGTAACTGGCGTGCACCGCTGTTCGGTTACTGCTGCTCCGGCGTGGTGTATACCGAGCATGAAAACCCGGAAGAGACGATGTATCAGGTGCTGCATCACCAGTTTGTCGCCAgcg > 3:392809/1‑149 (MQ=255) ccTTCAACGAAATTAACAACCAGCGTAACTGGCGTGCACCGCTGTTCGGTTACTGCTGCTCCGGCGTGGTGTATACCGAGCATGAAAACCCGGAAGAGACGATGTATCAGGTGCTGCATCACCAGTTTGTCGCCAGGGCGCTGGCgaca < 4:13141/149‑4 (MQ=255) ttCAACGAAATTAACAACCAGCGTAACTGGCGTGCACCGCTGTTCGGTTACTGCTGCTCCGGCGTGGTGTATACCGAGCATGAAAACCCGGAAGAGACGATGTATCAGGTGCTGCATCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGaa > 2:620707/1‑149 (MQ=255) tCAACGAAATTAACAACCAGCGTAACTGGCGTGCACCGCTGTTCGGTTACTGCTGCTCCGGCGTGGTGTATACCGAGCATGAAAACCCGGAAGAGACGATGTATCAGGTGCTGCATCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGaaa < 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gctgcATCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGa < 2:649518/149‑1 (MQ=255) gcATCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATgc > 1:633890/1‑149 (MQ=255) tCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGcgcg > 4:746037/1‑149 (MQ=255) cACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAATCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGCACGATGTGATGTTCGCTCAGAAGTCGATGCGCGa > 2:298676/1‑149 (MQ=255) ccAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGa > 4:279934/1‑114 (MQ=255) ccAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGa < 3:279934/114‑1 (MQ=255) ccAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAAc > 3:673978/1‑149 (MQ=255) cAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACg > 3:134803/1‑149 (MQ=255) ctttcaccGCCAGGGCGCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGc > 1:184277/8‑149 (MQ=255) tttGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTa > 2:159387/1‑149 (MQ=255) ttGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTAc < 3:168876/149‑1 (MQ=255) caccGCCAGGGCGCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACg > 4:449017/4‑149 (MQ=255) gTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGt > 2:41974/1‑149 (MQ=255) tCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTc < 2:582874/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGGGCGCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTAc > 4:125542/2‑146 (MQ=255) ccGCCAGGGCGCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTAc < 3:125542/145‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCtt < 1:799670/149‑1 (MQ=255) | ATACTGGATGACCTTCAACGAAATTAACAACCAGCGTAACTGGCGTGCACCGCTGTTCGGTTACTGCTGCTCCGGCGTGGTGTATACCGAGCATGAAAACCCGGAAGAGACGATGTATCAGGTGCTGCATCACCAGTTTGTCGCCAGCGCCCTGGCGGTGAAAGCTGCGCGTCGCATTAACCCGGAGATGAAAGTCGGCTGTATGCTGGCGATGGTGCCGCTCTATCCTTACTCCTGTAACCCGGACGATGTGATGTTCGCTCAGGAGTCGATGCGCGAACGCTACGTCTT > NC_000913/3044180‑3044470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |