| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,111,961 | T→C | 5.4% | pseudogene (130/963 nt) | yghE ← | pseudogene, secretion pathway protein, L‑type protein homology; putative general secretion pathway for protein export (GSP) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,111,961 | 0 | T | C | 5.4% | 341.3 / 5.3 | 107 | pseudogene (130/963 nt) | yghE | pseudogene, secretion pathway protein, L‑type protein homology; putative general secretion pathway for protein export (GSP) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/50); new base C (3/3); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCCAGCCCGGCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTAGCGCAGCGCGATGGAAA > NC_000913/3111816‑3112109 | gccagcCCGGCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGtt < 3:756227/149‑1 (MQ=255) ccagcCCGGCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGTACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTg < 2:847517/149‑1 (MQ=255) cccGGCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCa < 3:623077/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCatat < 1:286421/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 1:406582/149‑4 (MQ=255) cgcTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGc < 1:82347/149‑1 (MQ=255) cgcTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGc < 4:571942/149‑1 (MQ=255) cgcTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggt < 1:19549/149‑6 (MQ=255) tCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGt > 3:181910/1‑149 (MQ=255) ccATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGCTAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGtt > 3:208969/1‑149 (MQ=255) cATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGTATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGCTTTCCTGCAACCACTGCGCAACGTTGCGCATATGCTGTTg < 1:259532/149‑1 (MQ=255) cATCCCCGGCATCCATCTATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTTCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGACGTTTTATTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTg > 4:346536/1‑149 (MQ=255) tCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAGGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGt < 4:735388/149‑1 (MQ=255) cccGGCATTCATTGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGa < 1:515576/149‑1 (MQ=255) cccGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGa > 1:46462/1‑149 (MQ=255) cccGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGa > 4:270059/1‑149 (MQ=255) aTTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACt > 2:356791/1‑149 (MQ=255) ttCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTg > 2:378929/1‑149 (MQ=255) tGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGtt < 2:826293/149‑1 (MQ=255) tGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGtt < 2:791016/149‑1 (MQ=255) tGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGtt < 2:705027/149‑1 (MQ=255) cccGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTgg > 3:722448/1‑149 (MQ=255) ccGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGt < 4:235518/149‑1 (MQ=255) gTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCg > 4:418849/1‑149 (MQ=255) ttGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGa > 1:179033/1‑149 (MQ=255) tGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGat < 4:616979/149‑1 (MQ=255) gcgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGata > 3:598616/1‑149 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGaa > 3:55876/1‑115 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGaa < 4:55876/115‑1 (MQ=255) 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ccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAg < 4:408387/149‑1 (MQ=255) acaAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGtt > 1:874354/1‑149 (MQ=255) acaAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGtt > 1:71700/1‑149 (MQ=255) caAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTc < 2:892460/149‑1 (MQ=255) caAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTc > 3:163305/1‑149 (MQ=255) 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ggTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCgg < 2:654028/149‑1 (MQ=255) gTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCggg < 4:780060/149‑1 (MQ=255) cGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATa < 4:386792/149‑1 (MQ=255) cGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATa < 1:378929/149‑1 (MQ=255) tttCCTGCGACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTc < 2:457512/149‑1 (MQ=255) tttCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTc < 4:11530/149‑1 (MQ=255) tCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCgg < 4:473347/149‑1 (MQ=255) tCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCgg < 4:790906/149‑1 (MQ=255) tGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCACCGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTag > 1:839762/1‑149 (MQ=255) tGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTag > 1:160032/1‑149 (MQ=255) cAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcg > 1:5008/1‑149 (MQ=255) cACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcgcagc > 2:731068/1‑149 (MQ=255) cACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcgcact > 2:443197/1‑147 (MQ=255) atatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcgcagc > 1:27625/4‑149 (MQ=255) tatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcgcagcg > 3:65654/3‑149 (MQ=255) tatGCGCAACATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcgcagcg > 2:243355/3‑149 (MQ=255) aCTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAACTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTagcgcagcg > 2:451907/1‑149 (MQ=255) | GCCAGCCCGGCGCTCCATCCCCGGCATTCATCGATGCGGCAGATAACCCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGCTCTTCTTCCAGTAAGGCGGGCAGAATAGTCGGTAGCGCAGCGCGATGGAAA > NC_000913/3111816‑3112109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |