| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,333,057 | C→T | 5.7% | L21L (CTG→CTA) | rpmA ← | 50S ribosomal subunit protein L27 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,333,057 | 0 | C | T | 5.7% | 329.1 / 2.8 | 99 | L21L (CTG→CTA) | rpmA | 50S ribosomal subunit protein L27 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/43); new base T (3/3); total (53/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATA > NC_000913/3332910‑3333205 | ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 2:26382/1‑149 (MQ=255)ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 4:251291/1‑149 (MQ=255) gAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGc < 2:137296/149‑1 (MQ=255) aTTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGt < 1:644460/149‑1 (MQ=255) tttCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGtt < 4:339828/149‑1 (MQ=255) cACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAg > 3:52155/1‑149 (MQ=255) cACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTAAACGCCTGGGCGTTAAg < 1:518140/149‑1 (MQ=255) aCTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGc > 1:396756/1‑149 (MQ=255) 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1:26382/149‑1 (MQ=255) aCCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATg < 4:802101/149‑1 (MQ=255) ccGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATgg < 2:82118/149‑1 (MQ=255) ccGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATgg < 4:780219/149‑1 (MQ=255) gAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGcc > 1:556070/1‑149 (MQ=255) aCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCctg > 1:608517/1‑149 (MQ=255) agCTAAACGCCTGGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTTAACCACTTACGATGGCCctgc > 1:829714/2‑149 (MQ=255) gCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCctgct > 3:434793/1‑149 (MQ=255) gCTAAACGCCTGGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCctgct > 1:652749/1‑149 (MQ=255) ttAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCtgctgc > 2:418172/1‑149 (MQ=255) ttAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCtgctgc > 1:296523/1‑149 (MQ=255) aaCGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATg < 3:226558/137‑1 (MQ=255) aaCGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATg > 4:226558/1‑137 (MQ=255) gCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATgg > 1:596141/1‑135 (MQ=255) gCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATgg < 2:596141/135‑1 (MQ=255) gCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACg > 3:622593/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGa < 3:704110/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATa < 3:486005/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATa > 1:678791/1‑149 (MQ=255) cAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATa < 4:344485/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATa < 4:163168/149‑1 (MQ=255) | TTCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATA > NC_000913/3332910‑3333205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |