| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,387,553 | T→A | 8.2% | R212R (CGA→CGT) | aaeB ← | p‑hydroxybenzoic acid efflux system component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,387,553 | 0 | T | A | 8.2% | 320.7 / 16.1 | 97 | R212R (CGA→CGT) | aaeB | p‑hydroxybenzoic acid efflux system component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/45); new base A (5/3); total (49/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
GCGTATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAG > NC_000913/3387405‑3387693 | gcgTATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGt > 2:577076/1‑149 (MQ=255)gcgTATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACATCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGt < 4:352600/149‑1 (MQ=255) cgTATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTc < 1:757004/149‑1 (MQ=255) gTATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCg > 1:512078/1‑149 (MQ=255) tATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGc < 3:292124/149‑1 (MQ=255) aTTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCa < 1:514794/149‑1 (MQ=255) cTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCa > 2:449303/1‑149 (MQ=255) tGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCTCACCAg > 4:580464/1‑149 (MQ=255) tGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAg < 1:574623/149‑1 (MQ=255) tGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAg > 1:565197/1‑149 (MQ=255) aaTAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGt > 2:764634/1‑149 (MQ=255) attagTTTGGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGTGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGcccc > 4:307116/4‑149 (MQ=255) ataagTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGcccc > 4:269635/1‑149 (MQ=255) ataagTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGcccc > 3:703194/1‑149 (MQ=255) 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ccGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATTCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag > 4:156485/1‑149 (MQ=255) ccGTGATGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTAATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCTGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag > 1:254715/1‑149 (MQ=255) acctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag > 3:436354/4‑149 (MQ=255) acctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAag > 4:54316/4‑149 (MQ=255) cGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAaga < 1:340628/149‑1 (MQ=255) cGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAaga < 4:627700/149‑1 (MQ=255) gtggtgCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAagag > 2:856434/1‑149 (MQ=255) ctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCa < 2:736165/93‑1 (MQ=255) ctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCa > 1:736165/2‑94 (MQ=255) ctggtgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAagag > 1:125076/2‑149 (MQ=255) ctggtgCGACGCACCACGGCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAagag < 4:87100/148‑1 (MQ=255) tgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAaga < 2:658654/144‑1 (MQ=255) tgCGACGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATAGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAaga > 1:658654/1‑144 (MQ=255) | GCGTATTCTGAATAAGATAAGTTTCGCAGGATTGGGTAATCAGCGTCAGCGATAGCGTATTGATCGCTTTTAAACGTCGATTGGCCCGCGCCCAGCGGGAAGATTCCATATTCAGGTTGCTGCGCATGCCTTGTAGCGCCGTGGTGCGTCGCACCAGGTCGCCCCAGGCTTTATCGACAACTTCACCATCGCCATGCTTGATACAGAGTTGCATTAATTGATATTGCGCGACCAGCAAACTTTCCAGCTCTCGATCCACTTCTTGTTTGATCGATCGCGGAGAAAAGAG > NC_000913/3387405‑3387693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |