| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,814,164 | G→A | 7.7% | G78D (GGT→GAT) | dut → | deoxyuridinetriphosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,814,164 | 0 | G | A | 7.7% | 1626.4 / 84.1 | 519 | G78D (GGT→GAT) | dut | deoxyuridinetriphosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (244/234); new base A (21/19); total (265/254) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 524 total aligned reads displayed.
GGACTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACAGGCT > NC_000913/3814016‑3814312 | cTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTAt < 3:854470/149‑1 (MQ=255) gACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGt > 1:163588/1‑149 (MQ=255) cTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCt > 1:233374/1‑149 (MQ=255) tGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCtt < 1:839082/149‑1 (MQ=255) tGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCtt < 2:673652/149‑1 (MQ=255) cGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGATACCGTGCttat < 1:887888/149‑3 (MQ=255) cGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGATACCGTGCttat < 1:573744/149‑3 (MQ=255) gTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGt < 4:335384/149‑1 (MQ=255) gCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTaa > 4:629936/1‑149 (MQ=255) ccTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAAc > 4:240636/1‑149 (MQ=255) cTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTGCGGGAGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATCGCCGATCGTGCACTGGCGGCAATGATCCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAGcc > 2:639721/1‑149 (MQ=255) tctcAACGACGCCGTAGACCTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTTGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCttg < 2:460163/149‑3 (MQ=255) tctcAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTgg > 4:408317/1‑149 (MQ=255) tctcAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTgg > 2:785814/1‑149 (MQ=255) tcAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTa < 4:197705/149‑1 (MQ=255) cAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAg < 1:652668/149‑1 (MQ=255) gCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGAt < 2:885917/149‑1 (MQ=255) gCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGAt < 3:667749/149‑1 (MQ=255) 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ggTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAggg > 3:637118/1‑149 (MQ=255) gACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGa < 2:411721/123‑1 (MQ=255) acactacactGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAg < 1:316872/149‑1 (MQ=255) cacTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGATACCGTGCttat < 3:831742/108‑3 (MQ=255) acTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGtt > 4:448094/1‑149 (MQ=255) tACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTtga > 1:258272/1‑149 (MQ=255) 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1:17475/1‑149 (MQ=255) aTTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTg < 1:645117/149‑1 (MQ=255) aCATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCgg < 2:333239/149‑1 (MQ=255) aCATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCgg > 1:45054/1‑149 (MQ=255) accaaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgt > 3:160414/4‑149 (MQ=255) ccaaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCa < 2:148634/128‑1 (MQ=255) aTAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgta > 4:531361/1‑149 (MQ=255) caaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTcc > 3:76266/2‑144 (MQ=255) caaGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgtag > 3:438185/2‑149 (MQ=255) aaGCACGATACCGTGCTTGATAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgtagt > 3:518264/1‑149 (MQ=255) aGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAgatga > 2:369506/1‑132 (MQ=255) aGCACGATACCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGgtagta > 2:30058/1‑149 (MQ=255) gCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTAc > 4:602296/1‑149 (MQ=255) gCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTAc > 1:12179/1‑149 (MQ=255) cACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACa < 2:95467/149‑1 (MQ=255) gTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACAGGCt < 2:116923/149‑1 (MQ=255) | GGACTTGACCTGCGTGCCTGTCTCAACGACGCCGTAGAACTGGCTCCGGGTGACACTACGCTGGTTCCGACCGGGCTGGCGATTCATATTGCCGATCCTTCACTGGCGGCAATGATGCTGCCGCGCTCCGGATTGGGACATAAGCACGGTATCGTGCTTGGTAACCTGGTAGGATTGATCGATTCTGACTATCAGGGCCAGTTGATGATTTCCGTGTGGAACCGTGGTCAGGACAGCTTCACCATTCAACCTGGCGAACGCATCGCCCAGATGATTTTTGTTCCGGTAGTACAGGCT > NC_000913/3814016‑3814312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |