| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,332,871 | 0 | A | C | 5.9% | 381.5 / 7.9 | 111 | S134R (AGT→AGG) | basS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BasR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/57); new base C (3/4); total (50/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGA > NC_000913/4332729‑4333018 | gTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGAcc < 1:744794/149‑1 (MQ=255)gTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGAcc > 2:744794/1‑149 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGGTGCGTTTTCGCCAGCGGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTGCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTGATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCGTGACCa < 3:428251/149‑1 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCCTGACCa < 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> 1:448168/1‑149 (MQ=255) aTGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAaccac > 4:353622/1‑149 (MQ=255) aTGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAaccac < 3:607025/149‑1 (MQ=255) gtgATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCg > 1:563640/1‑149 (MQ=255) gATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGaaa < 3:787519/141‑1 (MQ=255) gATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGaaa > 4:787519/1‑141 (MQ=255) 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tCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCa < 3:171586/108‑1 (MQ=255) tCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCa > 4:171586/1‑108 (MQ=255) ggTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCa < 1:622659/149‑1 (MQ=255) gTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGAGTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAg > 1:713064/1‑149 (MQ=255) aacaacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTc > 2:757977/1‑149 (MQ=255) aacaacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTc > 2:296521/1‑149 (MQ=255) aacCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTcc > 3:267949/1‑129 (MQ=255) acCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGcc > 2:587193/1‑149 (MQ=255) tttCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGa > 4:716887/1‑72 (MQ=255) tttCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGa < 3:716887/72‑1 (MQ=255) tCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAgcgg < 1:158752/149‑1 (MQ=255) tCCCGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGt < 2:72770/149‑1 (MQ=255) atcTGGTCAGTGGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcgg > 3:693528/3‑149 (MQ=255) atcTGGTAAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcgg > 4:314099/3‑149 (MQ=255) gCTGGTCAGTCGCGTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGACAGTGGGCGTTAAGTTGGCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcggc > 4:765201/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcggc < 2:864476/149‑1 (MQ=255) tGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGt > 3:54215/1‑149 (MQ=255) tGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGt > 3:311322/1‑149 (MQ=255) ggTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTa < 1:757977/149‑1 (MQ=255) ggTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTGTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTa > 3:529072/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTAc > 4:256277/1‑149 (MQ=255) gCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCt > 1:824752/1‑149 (MQ=255) cGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTg < 2:404979/149‑1 (MQ=255) gACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGa < 1:353478/149‑1 (MQ=255) | GTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGA > NC_000913/4332729‑4333018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |