| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,548,914 | G→C | 7.0% | G36A (GGT→GCT) | fimH → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,914 | 0 | G | C | 7.0% | 430.2 / 17.1 | 126 | G36A (GGT→GCT) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/61); new base C (2/7); total (58/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTAT > NC_000913/4548766‑4549062 | gCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCgg > 4:653864/1‑149 (MQ=255)gCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCgg > 4:244210/1‑149 (MQ=255)gCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGACAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCgg > 4:557850/1‑149 (MQ=255) aTCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTg > 3:307982/1‑149 (MQ=255) aCCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCa > 2:624772/1‑149 (MQ=255) aCCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCa > 3:60174/1‑149 (MQ=255) cTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 4:755639/149‑1 (MQ=255) ccTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCaa < 2:674097/149‑1 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt > 3:339898/1‑149 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAt > 3:650498/1‑149 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGCTGCCACCGCCAAt < 1:278343/149‑1 (MQ=255) cTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGCTGCCACCGCCAAt < 3:610162/149‑1 (MQ=255) tACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAAta < 3:484964/149‑2 (MQ=255) 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tAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTa < 1:782371/149‑1 (MQ=255) tAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAAGGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTa < 1:334115/149‑1 (MQ=255) aaaCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTg > 4:51238/1‑98 (MQ=255) aCCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGa < 4:60174/149‑1 (MQ=255) ccGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGAc < 4:339898/149‑1 (MQ=255) gCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTa > 1:77665/1‑149 (MQ=255) gCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTa > 1:8267/1‑149 (MQ=255) ccAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCTCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTAt < 3:612073/149‑1 (MQ=255) ggTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTcac > 2:608281/1‑149 (MQ=255) gTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTcaca < 3:310891/149‑1 (MQ=255) tACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCacac < 3:403522/149‑1 (MQ=255) cagCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGATTATGTAAACCTCGCGCCCGGCGTGAATGCGGGGCAACACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAAAGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGGCACGCTg > 2:484263/3‑149 (MQ=255) cTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGGCGTGAATGTGGGGCAGAACCCGGTTGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACAATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCaa > 1:306484/1‑149 (MQ=255) aTCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACg > 4:203324/1‑149 (MQ=255) tCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGa < 1:608281/149‑1 (MQ=255) cccTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAg < 1:105866/149‑1 (MQ=255) caTTGGCGCTGCCACCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCt > 4:353052/2‑149 (MQ=255) gTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTAt < 1:802896/149‑1 (MQ=255) | GCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTAT > NC_000913/4548766‑4549062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |