| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,548,917 | G→C | 7.0% | G37A (GGC→GCC) | fimH → | minor component of type 1 fimbriae |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,548,917 | 0 | G | C | 7.0% | 419.5 / 16.8 | 125 | G37A (GGC→GCC) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/61); new base C (2/7); total (57/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGC > NC_000913/4548771‑4549065 | aCCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCa > 2:624772/1‑149 (MQ=255)aCCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCa > 3:60174/1‑149 (MQ=255) cTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAgc < 4:755639/149‑1 (MQ=255) 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aaTGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGt < 2:324421/149‑1 (MQ=255) ggTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTcac > 2:608281/1‑149 (MQ=255) gTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTcaca < 3:310891/149‑1 (MQ=255) tACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCacac < 3:403522/149‑1 (MQ=255) cagCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGATTATGTAAACCTCGCGCCCGGCGTGAATGCGGGGCAACACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAAAGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGGCACGCTg > 2:484263/3‑149 (MQ=255) cTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGGCGTGAATGTGGGGCAGAACCCGGTTGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACAATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCaa > 1:306484/1‑149 (MQ=255) aTCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACg > 4:203324/1‑149 (MQ=255) tCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGa < 3:692539/149‑1 (MQ=255) tCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGa < 1:608281/149‑1 (MQ=255) cccTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAg < 1:105866/149‑1 (MQ=255) caTTGGCGCTGCCACCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCt > 4:353052/2‑149 (MQ=255) gTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTAt < 1:802896/149‑1 (MQ=255) ggCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATgg < 2:874725/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATggc > 1:853798/1‑149 (MQ=255) | ACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGC > NC_000913/4548771‑4549065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |