| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,610,720 | T→A | 5.8% | L436Q (CTG→CAG) | prfC → | peptide chain release factor RF‑3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,610,720 | 0 | T | A | 5.8% | 540.1 / 16.4 | 154 | L436Q (CTG→CAG) | prfC | peptide chain release factor RF‑3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/82); new base A (5/4); total (68/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ACCGGTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAAGAGTTC > NC_000913/4610575‑4610868 | aCCGGTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGAt > 4:361271/1‑149 (MQ=255) ccGGTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATc < 1:475057/149‑1 (MQ=255) gTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCTGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGtt < 1:52051/149‑1 (MQ=255) 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ttCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGc > 4:59208/1‑149 (MQ=255) tCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGAcg > 4:299499/1‑149 (MQ=255) tCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGAcg > 3:450148/1‑149 (MQ=255) aaTCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCga > 2:41628/1‑149 (MQ=255) aTCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAGCGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCgaa < 4:518375/149‑1 (MQ=255) aTCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCgaa < 2:505004/149‑1 (MQ=255) tctcCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGCGTAGAATGTGCAGACGCgaag > 4:638082/1‑149 (MQ=255) accaacGATCAGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAAtt > 3:565971/3‑149 (MQ=255) aacaacGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAGCGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACTCGAAGAAAtt < 2:120079/149‑1 (MQ=255) aacaacGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAAtt > 4:469412/1‑149 (MQ=255) ccaacGATCAGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTa > 3:685506/2‑125 (MQ=255) ccaacGATCAGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTc > 3:14794/2‑149 (MQ=255) aacGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGa > 4:284904/1‑149 (MQ=255) acGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGaa < 3:176149/149‑1 (MQ=255) acGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGaa < 3:591004/149‑1 (MQ=255) gATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTATCGCTCCTGAAGATCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAAATCGAaga < 2:593862/149‑1 (MQ=255) gATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAaga < 2:58227/149‑1 (MQ=255) gATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAaga < 3:688852/149‑1 (MQ=255) tGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAAGAGTTc > 3:238289/1‑149 (MQ=255) | ACCGGTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAAGAGTTC > NC_000913/4610575‑4610868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |