| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,138,428 | G→C | 5.2% | A17A (GCG→GCC) | flgK → | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,138,428 | 0 | G | C | 5.2% | 382.2 / 5.7 | 109 | A17A (GCG→GCC) | flgK | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/44); new base C (3/3); total (62/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGCAGCGTGAGT > NC_000913/1138281‑1138576 | tACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGgcggcg > 4:680676/1‑149 (MQ=255) cAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATACTACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGtt < 2:306194/149‑1 (MQ=255) cAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGtt < 4:458922/149‑1 (MQ=255) gTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttca < 1:535233/149‑3 (MQ=255) tATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTaaa > 2:685959/1‑149 (MQ=255) tATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTaaa < 3:227153/149‑1 (MQ=255) tGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATa > 1:691628/1‑149 (MQ=255) aCATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttca < 3:254019/143‑3 (MQ=255) aCATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttca > 4:254019/1‑141 (MQ=255) aTTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCa > 4:728070/1‑149 (MQ=255) ttGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCaa > 1:759402/1‑149 (MQ=255) ttGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCaa < 4:388353/149‑1 (MQ=255) ttGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCaa < 4:316527/149‑1 (MQ=255) 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tCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATaa > 4:303456/1‑149 (MQ=255) tCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATaa > 1:385934/1‑149 (MQ=255) ggcggGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCg > 1:548386/1‑149 (MQ=255) gcggATCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTTAATAGTAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCCGCGTTAAATAGGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGGTGCCgg > 4:175082/1‑149 (MQ=255) ggTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGata < 2:496455/149‑1 (MQ=255) 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taCTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCAc < 2:488661/149‑1 (MQ=255) tctGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACtat > 2:273165/1‑149 (MQ=255) tGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACtatta > 4:349332/1‑149 (MQ=255) tGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACtatta < 3:680676/149‑1 (MQ=255) tGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACtatta < 3:303456/149‑1 (MQ=255) tGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACtatta > 2:63874/1‑149 (MQ=255) gTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACtattat > 1:43036/1‑149 (MQ=255) tAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATg > 3:35515/1‑149 (MQ=255) tAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATg < 2:548386/149‑1 (MQ=255) aTTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATAgc < 3:542722/149‑1 (MQ=255) 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ttAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGtt > 3:254393/1‑149 (MQ=255) ttAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCAGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGtt > 4:428635/1‑149 (MQ=255) taataaCGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTg < 2:691628/149‑1 (MQ=255) taaCGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCa > 3:133470/1‑149 (MQ=255) aaCGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCaa > 2:178281/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) cATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAAt < 1:667391/112‑1 (MQ=255) cATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGgtg < 3:750414/149‑1 (MQ=255) cATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGgtg > 1:76978/1‑149 (MQ=255) gAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCt < 1:692086/149‑1 (MQ=255) cTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCaaa < 3:699851/79‑1 (MQ=255) cTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCaaa > 4:699851/1‑79 (MQ=255) tGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAAc > 2:486630/1‑79 (MQ=255) tGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAAc < 1:486630/79‑1 (MQ=255) tGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGc > 3:323682/1‑131 (MQ=255) tGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGc < 4:323682/131‑1 (MQ=255) tGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCt > 1:715550/1‑149 (MQ=255) aaCGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTgg > 3:370092/1‑149 (MQ=255) ggCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGc > 2:89789/1‑149 (MQ=255) gcggcgTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGCAGCGTGa < 2:113368/149‑1 (MQ=255) | CCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGCAGCGTGAGT > NC_000913/1138281‑1138576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |