| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,227,053 | G→C | 8.2% | intergenic (+85/+18) | ycgJ → / ← pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,227,053 | 0 | G | C | 8.2% | 294.3 / 13.3 | 85 | intergenic (+85/+18) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/42); new base C (3/4); total (39/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCGAGTTCTG > NC_000913/1226907‑1227201 | gTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTc < 1:265654/149‑1 (MQ=255) aGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTcccc < 3:110163/149‑1 (MQ=255) ggAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGACTCTCCCCGTc < 2:278844/149‑1 (MQ=255) 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tgagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTatat > 1:87917/1‑137 (MQ=255) tgagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTatat < 2:87917/137‑1 (MQ=255) gagtgaTGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgttttgt < 4:448478/149‑1 (MQ=255) tCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg > 3:626304/1‑149 (MQ=255) acTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTCATCTTTTTTAGTTTTGTTTTTACgg > 2:473411/2‑149 (MQ=255) 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1:346931/1‑109 (MQ=255) aTTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCaa < 2:346931/109‑1 (MQ=255) ttAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACCTTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTAtt > 4:117537/1‑149 (MQ=255) ttAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTAtt > 4:702520/1‑149 (MQ=255) ttAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTAtt < 3:318366/149‑1 (MQ=255) tttATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTcc < 3:524333/147‑1 (MQ=255) 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GTAAGCGGAGTGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCGAGTTCTG > NC_000913/1226907‑1227201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |