| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,579,570 | A→C | 8.3% | intergenic (‑228/+63) | yddA ← / ← ydeM | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase/putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,579,570 | 0 | A | C | 8.3% | 233.5 / 13.9 | 72 | intergenic (‑228/+63) | yddA/ydeM | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase/putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/35); new base C (3/3); total (34/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
AATATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACCATGGCGTTC > NC_000913/1579422‑1579714 | aaTATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTa > 2:373782/1‑149 (MQ=255)aaTATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTa < 1:488234/149‑1 (MQ=255) atatGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTAt < 3:219214/149‑1 (MQ=255) tGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTc 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NC_000913/1579422‑1579714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |