| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,035,479 | G→A | 5.7% | T268I (ACC→ATC) ‡ | prfB ← | peptide chain release factor RF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,035,479 | 0 | G | A | 5.7% | 340.9 / 6.5 | 104 | T268I (ACC→ATC) ‡ | prfB | peptide chain release factor RF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/49); new base A (2/4); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TGTCGGATTTGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGA > NC_000913/3035333‑3035627 | tCGGATTTGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCgg > 4:577063/1‑149 (MQ=255) tCGGATTTGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCgg < 4:481282/149‑1 (MQ=255) tttGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGAtgt < 2:738482/149‑1 (MQ=255) tttGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGACCGGGAtcg < 1:320229/149‑3 (MQ=255) ttGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGACCGGGAtcgt < 1:521076/149‑4 (MQ=255) tGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAATGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTgg < 3:495191/149‑1 (MQ=255) tGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGTACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTgg > 3:72964/1‑149 (MQ=255) tGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTgg < 3:577063/149‑1 (MQ=255) tGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCAC‑ATCCCGACCGGGAtcgtga < 1:62243/149‑6 (MQ=255) gTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTggg > 4:470933/1‑149 (MQ=255) gTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTggg > 2:409996/1‑149 (MQ=255) gTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGACCGGGAtcgtga < 1:151450/149‑6 (MQ=255) ttATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGt > 3:641288/1‑149 (MQ=255) ttATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATATGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGt > 1:362559/1‑149 (MQ=255) tCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAAt > 3:156156/1‑149 (MQ=255) cTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATa > 2:421641/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCAc > 1:310706/2‑149 (MQ=255) aTCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGTTCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCAc > 1:527170/1‑149 (MQ=255) 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aCGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATaaac < 3:176552/149‑1 (MQ=255) gATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATaaacaa > 1:369480/1‑149 (MQ=255) aTCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATaaacaaa > 2:234178/1‑149 (MQ=255) tCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATaaacaaac < 4:320745/149‑1 (MQ=255) tCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATaaacaaac > 3:77177/1‑149 (MQ=255) 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TGTCGGATTTGTTATCTTCCATCGCCTGTTTCTCGGCATTTTTCTTCTGCATCTCCAGTTCATAAAGCTTCGCTTTCATCTGCTTCATGGCCTGATCTTTGTTCTTGTGCTGGGAACGGTCGTTCTGGCACTGGGTCACGATCCCGGTCGGGATGTGGGTAATACGCACCGCAGATTCGGTACGGTTAACGTGCTGACCGCCCGCGCCGGACGTGCGATAAACGTCAATGCGCAGATCCGCCGGGTTGATTTCGATATCAATATCATCATCAACTTCCGGATAAACAAACGCGGA > NC_000913/3035333‑3035627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |