| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,844,994 | T→G | 8.2% | V344G (GTC→GGC) | adeD → | cryptic adenine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,844,994 | 0 | T | G | 8.2% | 298.6 / 10.5 | 91 | V344G (GTC→GGC) | adeD | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/45); new base G (5/3); total (43/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTT > NC_000913/3844847‑3845142 | gACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTc < 4:397159/149‑1 (MQ=255) caTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGCTCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGACGATATCGGCCTgc < 2:123764/149‑2 (MQ=255) caTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGt < 1:72905/149‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATATGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCATTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 4:473323/149‑1 (MQ=255) aTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 1:687772/149‑1 (MQ=255) aTCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGGCACCAGCTGGTCGATGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTTGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt > 3:592089/1‑149 (MQ=255) tCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTg > 4:661804/1‑149 (MQ=255) gCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGa > 1:255924/1‑149 (MQ=255) cTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATg > 1:532494/1‑149 (MQ=255) ttAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATgc > 3:337275/1‑149 (MQ=255) aaTTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATgcgc < 1:189693/149‑1 (MQ=255) aaTTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATgcgc < 1:80621/149‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt > 2:479998/1‑136 (MQ=255) ttCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 1:479998/136‑1 (MQ=255) gccgccTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAg < 3:200817/149‑1 (MQ=255) cTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAATCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCAc > 4:618741/1‑149 (MQ=255) tGATCGAACAACACAATGCGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACg > 3:350735/1‑149 (MQ=255) gATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACgg > 1:222408/1‑149 (MQ=255) 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acacAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAgg > 4:67527/1‑149 (MQ=255) acaATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTa > 1:279564/1‑149 (MQ=255) caATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTAc < 2:529417/149‑1 (MQ=255) aTGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt < 3:666655/112‑1 (MQ=255) aTGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGtt > 4:666655/1‑112 (MQ=255) aTGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTg < 2:425658/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGACAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTgg < 2:90972/149‑1 (MQ=255) gtgCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGt < 1:258357/149‑1 (MQ=255) cGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGaaa < 3:661804/149‑1 (MQ=255) gCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAg < 2:185071/149‑1 (MQ=255) tGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGc < 4:337275/149‑1 (MQ=255) gCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCg > 1:674591/1‑149 (MQ=255) cATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGa < 4:350735/149‑1 (MQ=255) cATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCACCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGa < 2:27918/149‑1 (MQ=255) tgGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCg > 1:391069/1‑149 (MQ=255) tatCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGa > 1:136310/1‑149 (MQ=255) 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gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 1:487310/149‑1 (MQ=255) gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 2:530184/149‑1 (MQ=255) gcgcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAaga < 3:547858/149‑1 (MQ=255) gcgcCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGt < 2:76116/149‑1 (MQ=255) cTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCga < 1:113314/149‑1 (MQ=255) 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ccGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAACCCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGCGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAac < 2:279564/149‑1 (MQ=255) tcaacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCa > 3:204059/5‑149 (MQ=255) tcaacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCa > 4:137991/5‑149 (MQ=255) tacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGTAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgc > 1:725987/3‑127 (MQ=255) aacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCTGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCAtt > 1:39785/3‑149 (MQ=255) aacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGGCTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCAtt > 2:200186/3‑149 (MQ=255) aacAGGACGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAAtccgc < 2:725987/125‑1 (MQ=255) aGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCATAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCAtt < 2:470246/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTg < 2:282864/149‑1 (MQ=255) aggacGATATCGGCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGcc < 4:204059/145‑1 (MQ=255) aGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGcc > 4:678393/1‑149 (MQ=255) cGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGAGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCgcc > 3:438593/1‑149 (MQ=255) tatCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCgccagc > 4:11762/1‑149 (MQ=255) tCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGGTGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCgccagcca < 2:485984/149‑1 (MQ=255) tCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCgccagcca > 3:583366/1‑149 (MQ=255) tCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGtt > 2:158699/1‑149 (MQ=255) | GACACATCGATGCCTTAATTCGCCGCCTGATCGAACAACACAATGTGCCGCTGCATGTGGCATATCGCGTCGCCAGCTGGTCGACGGCGCGCCACTTTGGTCTGAATCACCTCGGCTTACTGGCACCCGGCAAGCAGGCCGATATCGTCCTGTTGAGCGATGCGCGTAAGGTCACGGTGCAGCAGGTACTGGTGAAAGGCGAGCCGATTGATGCGCAAACCTTACAGGCGGAAGAGTCGGCGAGACTGGCACAATCCGCTCCGCCATATGGCAACACCATTGCCCGCCAGCCAGTT > NC_000913/3844847‑3845142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |