| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,906,828 | A→T | 9.6% | intergenic (‑261/+25) | bglG ← / ← phoU | transcriptional antiterminator of the bgl operon/negative regulator of PhoR/PhoB two‑component regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,906,828 | 0 | A | T | 9.6% | 299.8 / 19.6 | 94 | intergenic (‑261/+25) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator of the bgl operon/negative regulator of PhoR/PhoB two‑component regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/37); new base T (7/2); total (55/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
AACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCA > NC_000913/3906681‑3906973 | aaCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa < 3:670010/149‑1 (MQ=255)aaCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa < 2:459634/149‑1 (MQ=255)aaCGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTaa > 2:651928/1‑149 (MQ=255) cGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGt > 3:381150/1‑149 (MQ=255) gAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGtt > 1:628761/1‑149 (MQ=255) cATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTAtt < 2:541665/149‑1 (MQ=255) aTCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTg > 2:246456/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTggg > 1:519212/1‑149 (MQ=255) cAGGTTAGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGAGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAAAATTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGa < 2:300168/149‑1 (MQ=255) aGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAACTTAA‑TTATTGGGAt < 1:484362/149‑1 (MQ=255) aGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGAt > 1:49948/1‑149 (MQ=255) gTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGAttt < 3:375955/149‑1 (MQ=255) ggAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCt < 1:333518/149‑1 (MQ=255) gAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTg > 2:73658/1‑149 (MQ=255) aattaattTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGt < 1:457811/149‑1 (MQ=255) aattaattTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGt < 4:257607/149‑1 (MQ=255) ttaatttaatTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGa > 3:242727/1‑149 (MQ=255) tttaattGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAatta < 4:170556/149‑1 (MQ=255) ttGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGt < 1:697730/149‑1 (MQ=255) tGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTa < 4:537934/149‑1 (MQ=255) tGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTa > 3:374558/1‑149 (MQ=255) gCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTAt > 1:455023/1‑149 (MQ=255) agagAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCt > 1:371057/1‑149 (MQ=255) gagaAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCtt > 1:410339/1‑149 (MQ=255) gaAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTc < 3:408695/149‑1 (MQ=255) aaTAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTcccc > 3:642600/1‑149 (MQ=255) cAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCcag > 2:94837/1‑149 (MQ=255) aTGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCcagca < 1:77930/149‑1 (MQ=255) tGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCcagcag > 3:658923/1‑149 (MQ=255) tGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCcagcag > 3:27235/1‑149 (MQ=255) tGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCcagcag > 3:25783/1‑149 (MQ=255) cgcTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGtt < 2:485478/149‑1 (MQ=255) tATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTAt > 4:349924/1‑149 (MQ=255) tATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTAt > 3:754198/1‑149 (MQ=255) aTTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATc < 1:737194/149‑1 (MQ=255) gATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAg > 1:302117/1‑149 (MQ=255) aaTATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATc > 2:446134/1‑149 (MQ=255) cATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGa > 3:271260/1‑149 (MQ=255) aTGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGAc < 2:771122/149‑1 (MQ=255) tCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGa < 3:584076/149‑1 (MQ=255) tCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGa > 4:402736/1‑149 (MQ=255) tCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGa > 1:594801/1‑149 (MQ=255) gCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTCTAAAGCTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGCTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCGAGCTCATCGCCACCTACGTGACg > 3:410642/1‑149 (MQ=255) gCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGAc < 3:135548/148‑1 (MQ=255) gCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGAc > 4:135548/1‑148 (MQ=255) gCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACg < 2:65792/149‑1 (MQ=255) gTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGaa < 3:277240/149‑1 (MQ=255) ttattaACTTTGTGTAAGTTTAGGAATGTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTACTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAATTTATCCAGCTCATCGCCACCCACGTGACGGaaa < 4:640263/149‑1 (MQ=255) ttaACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATcc > 4:519260/1‑149 (MQ=255) taACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCt < 1:712207/149‑1 (MQ=255) aaCTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTg > 1:189547/1‑149 (MQ=255) aCTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGc < 2:594801/149‑1 (MQ=255) tttGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑GTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTAt < 3:462271/91‑1 (MQ=255) tttGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCACAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTAt > 4:462271/1‑91 (MQ=255) tgtAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGACATCCTGCCCCTTc > 4:263904/1‑149 (MQ=255) tgtAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTc > 4:433192/1‑149 (MQ=255) tAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCAc > 3:648958/1‑149 (MQ=255) tAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCAc > 1:706967/1‑149 (MQ=255) tAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCAc < 2:49948/149‑1 (MQ=255) tttAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACgtag > 2:444519/1‑149 (MQ=255) gAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTagaa > 2:421560/1‑149 (MQ=255) gAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTagaa < 3:433192/149‑1 (MQ=255) gAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAACTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTagaa < 1:73658/149‑1 (MQ=255) tttATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGAt > 3:114503/1‑149 (MQ=255) tataAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATaa > 1:18758/1‑149 (MQ=255) ataAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGTAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATaaa > 2:326720/1‑149 (MQ=255) taAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAAc > 2:140668/1‑149 (MQ=255) aaGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGACACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTc < 4:164411/149‑1 (MQ=255) aGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTca < 4:27235/149‑1 (MQ=255) aGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTca < 4:658923/149‑1 (MQ=255) ttATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTAttt > 4:86495/1‑56 (MQ=255) ttATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTAttt < 3:86495/56‑1 (MQ=255) tatataACAAATCCCAATAA‑TTAAGATATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAat > 3:470922/1‑149 (MQ=255) ataACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATAtt > 3:580210/1‑149 (MQ=255) ataACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATAtt < 4:615677/149‑1 (MQ=255) taACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTc < 2:455023/149‑1 (MQ=255) taACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTc < 4:159220/149‑1 (MQ=255) taACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGACCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTc > 4:513142/1‑149 (MQ=255) agaCAAATCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGAc > 3:677350/3‑97 (MQ=37) agaCAAATCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGAc < 4:677350/95‑1 (MQ=38) aaCAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCt > 2:353675/1‑149 (MQ=255) aaCAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCt < 3:349924/149‑1 (MQ=255) aaaTCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGc < 3:321065/79‑1 (MQ=255) aaaTCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGc > 4:321065/1‑79 (MQ=255) aTCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAg > 4:244913/1‑149 (MQ=255) aTCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAg > 2:135031/1‑149 (MQ=255) tCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGc > 2:92734/1‑149 (MQ=255) tCCCAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCACCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATGAACTCACAAATATTCTGGCAGc > 1:663737/1‑149 (MQ=255) cccAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGGAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCg > 2:623155/1‑149 (MQ=255) cccAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCg > 3:442260/1‑149 (MQ=255) ccAATAA‑TTAAGTTATGGGGATTTGGCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGGTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCgg > 4:404121/1‑149 (MQ=255) ccAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTagaa > 1:314881/1‑121 (MQ=255) ccAATAA‑CTTAATTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTagaa < 2:314881/121‑1 (MQ=255) aataa‑tTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTc < 2:628761/149‑1 (MQ=255) aataa‑tTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTc > 3:56330/1‑149 (MQ=255) taa‑tTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGc < 3:513142/149‑1 (MQ=255) a‑tTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCa > 3:397922/1‑149 (MQ=255) | AACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAA‑TTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCA > NC_000913/3906681‑3906973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |