| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,915,375 | G→C | 5.0% | intergenic (‑175/+178) | glmU ← / ← atpC | fused N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyl transferase/F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,375 | 0 | G | C | 5.0% | 349.2 / 6.8 | 99 | intergenic (‑175/+178) | glmU/atpC | fused N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/glucosamine‑1‑phosphate acetyl transferase/F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/57); new base C (3/2); total (40/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
GAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTT > NC_000913/3915227‑3915520 | gAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAg > 4:622840/1‑149 (MQ=255) tttAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTGATCGTAAATTGTACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGAACATCGTCACGCCTTTTTTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTAc > 2:755078/1‑149 (MQ=255) tttAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTAc > 2:436697/1‑149 (MQ=255) 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3:135743/1‑149 (MQ=255) aGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACAGGTCACACGCGCAAAAAAAag > 2:274477/1‑149 (MQ=255) ttaaaTTAAGGTACTGCCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAt < 4:356593/106‑1 (MQ=255) ttaaaTTAAGGTACTGCCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAt > 3:356593/3‑108 (MQ=255) gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTGAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc > 4:497296/1‑149 (MQ=255) gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc > 1:451942/1‑149 (MQ=255) gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc < 1:592034/149‑1 (MQ=255) 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gCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGttt > 1:527063/1‑149 (MQ=255) | GAATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTT > NC_000913/3915227‑3915520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |