| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,866,468 | G→A | 6.8% | intergenic (‑195/+1) | yidE ← / ← ibpB | putative transporter/heat shock chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,866,468 | 0 | G | A | 6.8% | 232.7 / 5.6 | 73 | intergenic (‑195/+1) | yidE/ibpB | putative transporter/heat shock chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/35); new base A (2/3); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
GAATCGGTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGCTCAG > NC_000913/3866321‑3866615 | gAATCGGTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGt < 2:445552/149‑1 (MQ=255) cGGTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGc < 3:379431/149‑1 (MQ=255) ggTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGGTAGTTAGCt < 1:512592/149‑1 (MQ=255) 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aTGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCata > 1:503323/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCatat < 1:536492/149‑1 (MQ=255) ggggCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTc < 3:486644/149‑1 (MQ=255) gggCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTca > 4:148895/1‑149 (MQ=255) gggCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTca < 1:105502/149‑1 (MQ=255) 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aGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGc > 2:123728/1‑149 (MQ=255) gCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGCt > 4:110182/1‑149 (MQ=255) tAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGCTCa < 3:252450/149‑1 (MQ=255) tAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGCTCa > 1:76368/1‑149 (MQ=255) aGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGCTCAg < 4:76368/149‑1 (MQ=255) | GAATCGGTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCATATTTTCAGCCAGCGTAAAGCTCAG > NC_000913/3866321‑3866615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |