| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,130,005 | G→A | 12.4% | L57L (TTG→TTA) | metL → | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,130,005 | 0 | G | A | 12.4% | 199.4 / 15.6 | 72 | L57L (TTG→TTA) | metL | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/31); new base A (3/6); total (35/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
GCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACC > NC_000913/4129859‑4130150 | gCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGAt < 1:83940/149‑1 (MQ=255) aaGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAAc < 1:588230/149‑1 (MQ=255) tcgtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGt > 4:512804/1‑149 (MQ=255) cgtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTAATCAACTGGtt < 4:156860/149‑1 (MQ=255) gtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTAATCAACTGGtta < 3:570588/149‑2 (MQ=255) gtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTAATCAACTGGtta < 3:103958/149‑2 (MQ=255) tcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGa > 3:91898/1‑149 (MQ=255) tcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTAATCAACTGGttag < 1:140735/149‑3 (MQ=255) aGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGaaa > 3:30519/1‑149 (MQ=255) 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atgGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTgaaga > 1:392459/1‑149 (MQ=255) tggtggTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTgaagaa < 3:275787/149‑1 (MQ=255) gtggtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGc < 4:305471/149‑1 (MQ=255) gtggtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGc < 3:266688/149‑1 (MQ=255) tggtTTCCGCCGCGGGTAGCAGCTGTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAAGTCAGCTAGACCGAACGTCTATCTGCGCATCAGATTCAACGAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGGCTGCTACCCGCTGCAGAAGcc < 2:341878/149‑1 (MQ=255) gtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGtt < 1:171350/44‑1 (MQ=255) gtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGtt > 2:171350/1‑44 (MQ=255) gtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGa < 3:383800/149‑1 (MQ=255) tttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGAt > 1:378270/1‑149 (MQ=255) tttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGAt < 1:483573/149‑1 (MQ=255) cgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTa < 4:419862/149‑1 (MQ=255) cgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTa < 3:512804/149‑1 (MQ=255) 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caaCCAGTTAATCAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAgc > 3:236698/2‑139 (MQ=255) gTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGAGCGAGCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGAcc > 3:553193/1‑149 (MQ=255) | GCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACC > NC_000913/4129859‑4130150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |